Nacido en abril de 1986 en Florianópolis (Brasil), Guilherme Siqueira comenzó su carrera futbolística en el Ipatinga Futebol Clube en 2002, tan solo cuatro años después de la fundación del modesto club quadricolor que a día de hoy milita en la Serie C brasileña.
Su salto a Europa lo daría dos años más tarde. En el mercado de invierno de la temporada 2004/2005 llegó al Inter de Milán para unirse a las filas de su equipo 'primavera'. Tras unos años confusos en los que fue cedido a clubes como el Avaí o el propio Ipatinga, el Udinese se hizo con la totalidad de sus derechos en el verano de 2009, después de que firmase una buena campaña en el Ancona.
Sería en Granada donde viviría sus mejores años como futbolista. Guilherme Siqueira llegó al conjunto nazarí en calidad de cedido por el equipo friulani. Era la temporada 2010/2011 y el club andaluz se destapaba como la revelación de la Liga Adelante. Recién ascendidos a la categoría de plata del fútbol español, los rojiblancos lograron el ascenso a Primera División tras disputar el play-off.
En su primera campaña en la Liga BBVA, el brasileño se destapó como uno de los laterales izquierdos con más proyección del fútbol europeo. Ya como propiedad del Granada CF, anotó un total de siete goles en 37 partidos, una notoria cifra para tratarse de un defensor. Sus actuaciones no pasaron desapercibidas por los grandes clubes, que fijaron sus ojos en el '6' que galopaba a sus anchas por la banda del Nuevo Los Cármenes.
El conjunto nazarí, sabedor de la situación de su lateral, renovó a Guilherme Siqueira, ampliando su contrato hasta junio de 2017 y con una cláusula de rescisión que ascendía a los 25 millones de euros. Era la temporada 2012/2013 y el brasileño seguía maravillando por los campos nacionales. De nuevo, su instinto goleador se convertiría en su mayor baza, seis tantos que ayudarían al Granada a mantenerse una temporada más en primera división.
En verano de 2013 Granada FC y SL Benfica llegaron a un acuerdo por el cual el lateral jugaría una campaña en el equipo de las águilas en calidad de cedido. En Portugal tuvo la oportunidad de disputar sus primeros partidos en competiciones internacionales. En la UEFA Champions League el conjunto lisboeta quedó eliminado en fase de grupos, pero accedió a la Europa League en la cual el Sevilla impediría a Siqueira alzarse con el título en la final.
Con la marcha de Filipe Luis al Chelsea de Mourinho después de haber conquistado la Liga en el Atlético de Madrid, Simeone confió en Siqueira como su sustituto. Debutó con el equipo colchonero en la Supercopa de España que acabarían logrando frente al Real Madrid.
Su etapa como jugador rojiblanco fue de más a menos. Siqueira y Ansaldi alternaban la titularidad en el once de Simeone, pero ninguno de los dos terminaba de convencer al técnico argentino. Así, y tras una mala temporada de Filipe en Londres, el Atlético de Madrid repescó al lateral del Chelsea y Guilherme pasó a un segundo plano.
Ahora llega al Valencia CF donde espera contar con más minutos que en el Atlético de Madrid y así recuperar su mejor versión. El brasileño tendrá un duro competidor en la banda de Mestalla, José Luis Gayá, pero aun así espera convencer a Gary Neville y poder aportar "mucho trabajo y experiencia" al equipo valencianista.