El puesto en el campo de Unai era el de interior izquierdo. El técnico vasco empezó en las categorías inferiores de la Real Sociedad, en el primer lustro de los años 90. Jugó durante cinco temporadas en el filial que se encontraba en segunda división B. Tras estos años en los que logró destacar sobre sus compañeros dio el salto al primer equipo en la temporada de 95/96, de la mano del entrenador Salva Iriarte. No tuvo un buen comienzo ya en la máxima categoría solo pudo disputar cinco partidos en Liga y una de Copa del Rey, saliendo siempre como sustituto. Sin embargo, en este tiempo fue capaz de estrenarse como goleador con La Real marcándole un gol al Albacete en Liga.
No fue este el único bagaje del actual entrenador del Sevilla. Tras pasar por San Sebastián sin pena ni gloria, fichó por el Toledo, dejando así la primera división para estar en un equipo de segunda, donde jugó durante cuatro temporadas entre 1996 y 2000. Emery fue un habitual durante sus años en la ciudad imperial llegando a disputar 126 partidos de Liga y marcando dos goles. Cuando el equipo descendió a Segunda División B de España, al finalizar la temporada 1999-2000, Emery fichó por el Racing Club de Ferrol, que acababa de ascender a la Segunda División. También estuvo jugando durante una temporada en el Club Deportivo Leganés, totalizando en su carrera finalmente 215 partidos en la Segunda División de España.
En 2003 fichó por el Lorca Deportiva Club de Fútbol. En noviembre de 2004, en su segunda temporada, el entrenador Quique Yagüe fue despedido del club tras una derrota contra la Asociación Deportiva Ceuta. El presidente del Lorca Deportiva Club de Fútbol ofreció a Emery, que llevaba varios meses lesionado en la rodilla, la posibilidad de hacerse cargo del equipo. Emery aceptó, se retiró del fútbol y cogió las riendas del equipo dando inicio a su etapa como entrenador que le ha llevado hasta el Sevilla en nuestros días con unos magníficos resultados.
Emery tuvo una modesta carrera como futbolista profesional. Jugó principalmente en la Segunda y en la Segunda división B, aunque llegó a debutar en la Primera División.
