Desde la llegada de Raphael Varane procedente del Lens, Pepe ha visto como cada verano se ha profetizado un relevo en la defensa del Real Madrid. Que Varane tiene un futuro brillante por delante es evidente, pero el central luso ha sido capaz de subir su nivel cada vez que ha sido exigido, y ha acabado por ser imprescindible en cada gran competición del equipo de Chamartín. Sin ir más lejos, la pasada Champions League, una de los mejores trofeos que Pepe ha jugado con el Madrid.
A base de trabajo y madridismo, Pepe se ha hecho un hueco en el corazón de todos los madridistas. Desde que llegara como un desconocido en el verano de 2007, Pepe ha sumado temporada a temporada siendo importante para el conjunto blanco, aumentando su nivel año a año, hasta ser capaz de ganar una UEFA Champions League y una Eurocopa en el mismo año, siendo vital tanto para el Madrid como para la selección portuguesa.
El duelo Pepe - Varane por la titularidad, un clásico en los últimos años del Real Madrid.
La temporada 2016/2017 se le presenta a Pepe como muchas otras. El 3 del Real Madrid sabe que Varane aprieta por detrás, y que es, posiblemente el futuro del Real Madrid. Pero el luso se niega a ponerlo facil y entregar la titularidad así como así. No en vano lleva varias temporadas soportando la presión de tener a uno de los mejores centrales jóvenes del mundo justo por detrás.
El descanso tras un verano movido al ganar la Eurocopa con Portugal le ha podido venir bien al físico de Pepe, aunque puede ser un arma de doble filo, puesto que Varane ha empezado la temporada como titular y formando pareja con Sergio Ramos, y en caso de que el francés siga creciendo, Pepe puede quedarse sin sitio en el once.