Todo iba viento en popa, el jugador se había ganado el respeto de la afición y empezaba a cosechar minutos y juego en los onces titulares de Diego Pablo Simeone, sin embargo, en el minuto 18 de una partido liguero en la primera vuelta de la temporada 2016/17 entre el Atlético y el Deportivo, el jugador tenía que ser retirado en camilla tras una mala acción individual. El argentino apoyaba mal la pierna derecha tras tratar de recuperar un balón y esta se quedaba clavada sobre el césped del Vicente Calderón. Minutos más tarde se confirmaba la peor noticia posible para el jugador argentino: una lesión en el ligamento cruzado anterior de la rodilla le mantendría alejado, al menos, siete meses de los terrenos de juego tras pasar por el quirófano.
El jugador, llegado al Atlético de Madrid con la entrada del nuevo año 2016 para reforzar el centro del campo colchonero por la larga lesión de Tiago Mendes, apenas pudo desplegar su juego durante la temporada 2016/17 al sufrir la lesión durante el mes de septiembre. El jugador fue mejorando pogresivamente pero no consiguió volver sobre el verde antes de la conclusión del curso, a pesar de ello, el argentino sí consiguió volver a tocar balón y ejercitarse a parte del grupo para tratar de reincorporarse en el mejor estado de forma en la próxima campaña.
La lucha constante por recuperarse de su lesión y el optimismo, han marcado sin duda el curso de un argentino que apuntaba muy alto pero que, por desgracia, se tuvo que mantener lejos del verde complicando las circunstancias del conjunto rojiblanco. La ausencia del jugador colchonero, lejos de enfriar la relación con la afición del Manzanares ha fortalecido los vínculos. La afición colchonera le trasladó su apoyo desde el primer día hasta el día de hoy, en definitiva, una temporada que no puede ser valorada por el juego pero sí por el esfuerzo de superación. Augusto Fernández podrá volver de la mejor manera la próxima temporada, y si las cosas se mantienen así, vestido de rojiblanco.