El árbitro ilerdense de 41 años ha pitado al Valencia CF en 25 ocasiones, de las cuales, el conjunto blanquinegre ha conseguido vencer en 12 de ellas, empatar tres y perder 10, quedando el porcentaje de victorias en un 48%, el de empates en un 12% y el de derrotas en un 40%. En esos 25 partidos disputados, el Valencia CF marcó 45 goles y recibió 35.
Estrada Fernández ha arbitrado al Valencia en su casa 11 partidos, en los que los che lograron nueve victorias y solo dos derrotas, adquiriendo un 81,82% de partidos ganados frente a un 18,18% de partidos perdidos. La afición valencianista vivió 31 goles a favor y únicamente 10 en contra los partidos que Estrada Fernández visitó Valencia.
En el apartado de tarjetas, de los 25 partidos totales arbitrados, los jugadores del Valencia CF vieron la cartulina amarilla 65 veces, pero solo tres jugadores fueron expulsados. En los partidos en los que el Valencia jugó como local Estrada Fernández sacó 21 amarillas a jugadores che y no expulsó a ninguno.
Xavier ha arbitrado en una única ocasión un Valencia CF vs Sevilla FC. El partido se disputó en Mestalla el 12 de enero de 2013, el Valencia CF consiguió imponerse por 2-0 a los andaluces. Ese encuentro acabo con cinco cartulinas amarillas. Spahic, Rakitic y Fernando Navarro la vieron por parte de los sevillistas y Joao Pereira y Dani Parejo por parte de los locales.
Con cuatro partidos, la Real Sociedad es el equipo que más se ha enfrentado al Valencia CF con Estrada Fernández como árbitro. Contra el Real Betis el Valencia CF consiguió su mayor victoria en partido que quedó 5-0. El último encuentro que el de Lérida pitó al Valencia CF fue el 5 de marzo de 2017, contra el Atlético de Madrid, en un partido que finalizó con victoria de los madrileños por 3-0 y en el que Enzo Pérez y Santi Mina vieron la amarilla.