A pesar de no ser navarro Nekounam vistió y defendió con mucho orgullo la camiseta rojilla durante siete temporadas. "Novias" no le faltaban y decidió confiar en el cuadro navarro. En su estancia en Pamplona luchó por la Champions y marcó tantos importantes para Osasuna. Además se convirtió en el primer iraní de Primera División y es uno de los mejores jugadores de la historia de su país.
Antes de Osasuna
Nekounam comenzó su carrera profesional en el Pas Teherán, con el que consiguió ganar la liga iraní en la temporada 2003/04. Esto les permitió competir la Liga de Campeones de la AFC. En 2005 se mudó a los Emiratos Árabes Unidos para jugar como cedido en el Al-Wahda, pero su sueño era jugar en el fútbol europeo y ocasiones no le faltaron. En esos momentos el Kaiserslautern y el Tottenham estaban interesados en él. Su estancia en el equipo no duró mucho, y fichó por el Al-Sharjah. Tras la Copa Mundial de Fútbol en 2006 los clubes europeos mostraron interés por el iraní, ejemplos de ellos son el Hertha Berlin y el Lyon.
Llegada a Osasuna
En 2006 Nekounam llegaba al fútbol europeo fichando por Osasuna, que entonces estaba clasificado para la tercera ronda previa de la Champions. Con este acuerdo se convirtió en el primer jugador iraní de la historia de la Primera División Española. Pronto se convirtió en un jugado importante, disputando siete temporadas con el conjunto navarro de 2006 a 2012 y después la temporada 2014/15. Con la camiseta rojilla ha jugado 196 partidos en los que ha anotado 31 goles.
El iraní debutó en el Camp Nou frente al Barcelona el 9 de septiembre de 2006. El primer gol lo anotó de cabeza en diciembre frente al Villarreal. También marcó en el partido importante contra la Real Sociedad, en el que consiguieron la permanencia matemática. En 2007 Osasuna y Nekounam estuvieron a punto de hacer historia en Champions. Y una vez más anotó un tanto con mucha importancia, gracias a su gol en el último minuto de prórroga los rojillos consiguieron el pase a octavos de la Copa de la UEFA.
En 2007 sufrió una rotura de ligamentos por lo que estuvo ocho meses lesionado, esa temporada disputó dos partidos. En su vuelta en el terreno de juego estuvo a la altura y todos técnicos confiaron en él (Ziganda, Camacho…). El Villarreal y Espanyol estuvieron interesados en el iraní, pero este se quedó en Pamplona. Además Osasuna en 2010 fichó al iraní Masoud, con el que compaginó muy bien.
Salida de Osasuna
En 2012 volvió a su país fichado por el Esteghlal FC Ahí el gol más importante lo marcó en la penúltima jornada del 2013, ya que gracias a eso ganaron la liga. Con el equipo iraní jugó once partidos de la Liga de Campeones de la AFC. En 2014 firmó por cuatro meses con el Al Kuwait, consiguiendo ganar la Copa del Emir.
Vuelta a Pamplona
Tras disputar el mundial de Brasil en 2014 Nekounam decidió volver a Osasuna a pesar de estar en Segunda y tener ofertas en Primera. Esta temporada fue complicada para los rojillos que estaban en puestos de descenso a falta de dos jornadas. Finalmente Osasuna consiguió la salvación gracias al gol de Javier Flaño en Sabadell.
Salida definitiva de Osasuna
En 2015 Nekounam firmaba con el Saipa FC, compitió una temporada antes de mudarse a Catar. Un año después el Al-Arabi anunció su acuerdo con el iraní. En 2016 decidió decir adiós al fútbol y se retiró, aun así no ha podido despedir del todo a su querido deporte y ha seguido como entrenador. Hoy en día es entrenador del FC Khooneh Be Khooneh que juega en la segunda división iraní.