Tras 24 jornadas a cargo del Fabril, Gustavo Munúa deja de ser el entrenador del filial del Deportivo. Su implicación en el supuesto amaño del Levante–Zaragoza, junto con ser una decisión del anterior director deportivo, han pesado más que la gran temporada que ha realizado. El Fabril de Munúa se quedó a un gol no concedido de ser el campeón del Grupo I de Segunda B. Terminó la temporada con 69 puntos y terminó siendo el equipo menos goleado con solo 28 goles recibidos.
La clave del éxito del entrenador charrúa ha sido saber mantener la dinámica que vivía el equipo con Cristóbal Parralo a la cabeza, además de reponerse al gran número de lesiones que ha tenido el filial durante toda la campaña. Llegó en la jornada catorce, en la que perdieron por 3-0 en el campo del Unión Adarve. Pese a salir de la zona de ascenso durante la segunda vuelta, recondujeron la situación para terminar como segundos clasificados, privados del liderato por un gol fantasma en el partido de la última jornada contra el Toledo.
Es la segunda mejor temporada de la corta carrera del técnico. Y es que en la temporada 2015/2016 ganó la Primera División Uruguaya con Nacional de Montevideo. Tras eso, fichó por el Liga de Quito sin mucho éxito para terminar recalando en el filial deportivista. Como jugador del Deportivo, Gustavo Munúa disputó 24 partidos en seis temporadas antes de fichar por el Málaga. Su mejor temporada la vivió en las filas del Levante, donde llegaron a clasificarse para la Europa League.
Tras este primer movimiento en el Fabril, no se sabe con claridad qué camino tomará la dirección deportiva para preparar la próxima temporada. Algunos jugadores como Queijeiro o Uxío terminan contrato el próximo 30 de junio. Otros aspiran a entrar en el primer equipo o a hacer las maletas.