Jonathan Pereira empezó en la cantera del Celta de Vigo hasta que con 15 años el Villarreal. Con este mismo equipo debutó en primera división el 21 de octubre de 2006 contra el Levante Unión Deportiva con resultado de empate a 1 marcando él mismo el gol al minuto de saltar al campo, convirtiéndose en el jugador debutante que menos tiempo ha tardado en meter un gol.
Tras sus buenas actuaciones, el delantero volvió a Villarreal y fue traspasado al Betis, con quien consiguió ascender a Primera División. Dicha gesta la repetiría en su cesión al Villarreal, con quien volvió a ascender a la máxima categoría.
Nuevamente, y tras acabar su periplo en los amarillos, Jonathan Pereira pasó por Rayo Vallecano, Valladolid, Lugo y Oviedo.
Tras pasar por gran cantidad de equipos españoles, el ariete gallego ha recalado en el Alcorcón. El jugador nunca ha destacado por sus cifras anotadoras pero ya la temporada pasada anotó cinco goles y repartió dos asistencias en 33 partidos de liga que disputó.
Esta temporada no ha empezado mal tampoco. En cinco partidos ya ha visto portería en una ocasión y ha dado una asistencia. El jugador es esencial en el esquema de Cristóbal Parralo, con quien ha salido como titular en los cinco encuentros. El gol lo anotó frente al RCD Mallorca, a los 14 minutos de juego y frente a uno de los equipo revelación de la categoría.
La suerte no le ha sonreido al AD Alcorcón respecto al calendario liguero. En las cinco primeras jornadas de la competición doméstica, los madrileños se han enfrentado a Sporting de Gijón, Málaga, Mallorca, Córdoba y Deportivo de la Coruña, varios de los equipos llamados a liderar la clasificación de LaLiga 1|2|3.
El próximo domingo, Jonathan Pereira se enfrentará al Cádiz CF, equipo siempre difícil y más aún en su feudo. Lo único seguro es que Jonathan Pereira se lo pondrá difícil a los de Álvaro Cervera.