El inicio de siglo XXI, fue un momento histórico para el RCD Mallorca. Pues ya en la temporada 2000/2001,consiguieron clasificarse para la Champions League, quedando terceros el liga, por encima incluso del FC Barcelona. Por tanto, al año siguiente jugarían en la máxima competición europea, siendo esto un hito de los más destacados en la historia del club bermellón.

Sin embargo, la mejor época de la historia del Mallorca no había hecho más que comenzar, ya que si fue histórico clasificarse para la Champions, ganar la Copa del Rey en 2003 lo fue incluso más. Los aficionados de Mallorca, se vieron sorprendidos por el gran rendimiento de Samuel Eto'o, jugador que en los próximos años se convertiría en uno de los mejores delanteros del mundo.

El RCD Mallorca, empezó su andadura en la Copa del Rey en un partido frente al UDA Gramenet, en el que vencieron 0-1 con gol de Álvaro Novo en el minuto 90'. En este partido, la eliminatoria estuvo abierta hasta el final, sobre todo porque el conjunto balear, no alineó a prácticamente ningún titular en su once inicial.

Una vez en dieciseisavos de final, su rival sería el Hércules, y una vez más, apurarían hasta el final. Al final del tiempo reglamentario, el resultado era de 0-0, y tras una prórroga con el mismo transcurso, el partido tuvo que decidirse desde los once metros. El Mallorca, finalmente, venció 4-3 en penaltis; accediendo así, a octavos de final.

Este inicio de Copa del Rey, no podía hacer pensar a nadie cuál sería el desenlace final. Pasan, por tanto, a la fase final de la Copa del Rey, y en octavos de final se enfrentan al Real Valladolid, ya a doble partido. La ida se disputó en Mallorca, y en el once ya vemos a jugadores como "el rifle" Pandiani, quien marcaría uno de los goles. El resultado final fue de 2-2, y muchos veían al Mallorca fuera de la Copa del Rey. Sin embargo, apareció un héroe inesperado: Carlos Domínguez "Carlitos", anotó un hat-trick en media hora y el Mallorca, pasó a cuartos de final mediante un resultado final de 1-4.

En la siguiente ronda, ya pocos confiaban en pasar. El Real Madrid de los galácticos era el rival. El Mallorca no tenía nada que perder, y en la ida ya demostró querer pasar a semifinales de copa. En el Bernabéu, sacaron un empate a uno, gracias a un gol de Miguel Ángel Nadal. Pero la historia llegaría en la vuelta, en Mallorca, delante de la afición. Y por fin, apareció Eto'o: doblete del camerunés que ayudó a poner el 4-0 en el marcador, para conseguir un resultado histórico. El Madrid estaba eliminado, y el Mallorca, en semifinales. En Mallorca empezaban a creer.

Había rival para semifinales: el Deportivo de La Coruña, un Deportivo que hacía un par de años se proclamó campeón de liga. En la ida, el resultado fue de 2-3, y una vez más, Pandiani y Eto'o fueron las estrellas del partido. En la vuelta, en ningún momento peligró la clasificación del Mallorca, puesto que rápido se adelantaron en el marcador, y hasta el minuto 83' no empatarían. El Mallorca estaba en la final de Copa, y la isla explotó de alegría.

Finalmente, el rival en la final fue un histórico de España, el decano, el Recreativo de Huelva. Toda una isla estaba expectante por el resultado de su equipo en el Martínez Valero. Sin embargo, rápido se adelantaron en el marcador mediante un gol de penalti de Pandiani. No sería hasta el minuto 73' que Eto'o pondría el 2-0 en el marcador, y en el 84',el camerunés, maquilló el marcador. El Mallorca era campeón de la Copa del Rey, y la isla estaba eufórica.

Esto supuso el segundo (y último) título de la historia del Mallorca, que espera poder repetir algo similar a lo vivido en aquel principio de siglo XXI.