El "Toto" (sobrenombre por el que se le conoce) se formó en la categorías inferiores del Newell's Old Boys, club con el que llegó a debutar en 1988 de la mano de Marcelo Bielsa. Su siguiente destino, en 1993, fue el Atlas de Guadalajara antes de volver a Argentina para debutar con el River Plate. A finales del Siglo XX, fue traspasado al Olympique de Marsella para finalmente llegar a Vigo en el mercado de invierno del año 2000.
Su debut como céltico llegó en enero de 2001 en un partido de Copa ante el Compostela. Aquel partido acabo con victoria celeste por 1-3 con goles de McCarthy y, en la prórroga, llegaron los goles de Edu y Karpin donde el "Toto" completó su primer partido con la camiseta del Celta.
Eduardo Berizzo formó parte de la plantilla del "EuroCelta" ilusionando al celtismo con la posibilidad de ganar un titulo que finalmente no pudo ser, tras perder la final de la Copa del Rey de 2002 ante el Real Zaragoza.
Berizzo destacó por su entrega en la zaga de la defensa celeste y pronto logró el cariño de la afección celeste durante los 5 años que permaneció en el club céltico. En 2004, tras el descenso a segunda división, tuvo la posibilidad de irse pero decidió quedarse para devolver al club a la máxima categoría del fútbol español.
Al término de esa temporada, tras 129 con 8 goles y devolver al Celta a primera división, decidió irse al Cadiz para completar su última temporada como profesional antes de colgar las botas.
Su primera etapa en los banquillos, empezó entre el 2007 y 2010 ayudando a Marcelo Bielsa en la selección chilena. En 2011, fue nombrado como técnico del club Estudiantes de la Plata pero, tras malos resultados, renunció al cargo pocos meses después. A finales de ese mismo año, se integró al cuerpo íntegro del O'Higgins despidiéndose, dos años más tarde, del club tras coronarse campeón de la Supercopa de Chile
En Mayo de 2014, Eduardo "Toto" Berizzo, fue anunciado como nuevo entrenador del Real Club Celta de Vigo sustituyendo a Luis Enrique para vivir una nueva etapa en Vigo nueve años después. Su primera etapa, a pesar de mantener una racha de 10 partidos sin ganar, dejó al club en 8ª posicion, a tan solo 4 puntos de las posiciones que daban acceso a disputar competiciones europeas.
Su siguiente temporada en el equipo gallego, dejó al Celta en 6° posición clasificando al club, 9 años después, a Europa League. También, ese mismo año, alcanzó las semifinales de la Copa del Rey cayendo derrotado ante el Sevilla.
La tercera temporada al frente del club, clasificó al Celta a semifinales de Europa League y de la Copa del Rey, cayendo eliminado de forma dramática ante el Manchester United y Alavés respectivamente. Al término de esa temporada, tras no llegar a un acuerdo de renovación, puso fin a su segunda etapa en el club logrando, nuevamente, el cariño de la afección y imágenes para el recuerdo de todo el Celtismo.
A principios de este año, Eduardo Berizzo, abrió la puerta a vivir una posible tercera etapa en el Celta declarando "El motor de dar un título al Celta Siempre me moverá a regresar" ante un medio argentino como La Nación. Este hecho provocaría, sin lugar a dudas, la alegría de la afección céltica y ojalá, algún día, pueda hacerse realidad.