Durante el encuentro entre el Atlético de Madrid y el Bayern Munich por la jornada 5 de la Champions League, José María Giménez sufrió una lesión en el muslo, tras despejar un balón que suponía un contragolpe peligrosísimo para los bávaros y el posible empate del partido. Al minuto 66 del encuentro y tras despejar el balón, Giménez cayó al suelo mostrando signos de dolor y con la mano en el muslo izquierdo, es por ese motivo que pidió el cambio inmediato y entro Felipe a reemplazarlo.
Al día siguiente y tras realizarle una resonancia, el club colchonero confirmó una lesión muscular en el muslo, que quedó pendiente de evolución, pero se estima que esté fuera de los canchas entre dos a cuatro semanas, por lo cuál se perdería el encuentro del sábado contra el Real Valladolid por la jornada 12 de la liga. No sólo eso, también se estaría perdiendo el encuentro de la siguiente semana contra el RB Salzburgo, partido en el cuál el Atlético de Madrid busca la clasificación y el derbi madrileño contra el Real Madrid el sábado 12 de diciembre.
Este ha sido un año de pesadilla para el central uruguayo debido a que no pudo estar al inicio de la temporada ya que dió positivo por Covid-19 y estuvo fuera de los terrenos de juego, perdiéndose los primeros tres encuentros ligeros y ahora esta lesión que lo alejara lo que resta del año.