El ex lateral del Oporto comenzó el año siendo titular en el primer partido frente al Valencia en Mestalla, donde firmó una actuación bastante floja tanto a nivel defensivo como en ataque, pues tuvo dificultad para cerrar los espacios en defensa, y fue superado en velocidad tanto por André Gomes, como por Rodrigo de Paul. Posteriormente, fue titular en el Benito Villamarín frente al Real Betis Balompié, donde disputó 63 minutos y fue amonestado.
En el siguiente partido frente al Espanyol donde el conjunto madridista se impuso por 6-0. No volvió a ser titular, hasta el 13 de febrero, cuando el líder de la liga se enfrentó al Athletic Club de Bilbao, y donde el brasileño cuajó una actuación bastante discreta. Después fue titular en el derbi madrileño el 28 de febrero, en el que a pesar de que el Real Madrid cayó derrotado, Danilo cuajó un buen partido jugando en la banda izquierda, frenando tanto a Koke como a Augusto Fernández. En el siguiente partido frente al descendido Levante en el Ciudad de Valencia, volvió a ser titular, certificando un buen momento de forma, aportando creatividad en ataque. Posteriormente, firmó un partido más discreto frente al Celta de Vigo. Después debutó en Liga de Campeones en el año 2016 frente a la Roma en el duelo de vuelta, con una actuación más floja, en la que no fue capaz de contener a Salah y a Diego Perotti.
El 20 de marzo en la jornada anterior al clásico, firmó una gran actuación y participó activamente en la victoria por 4-0 frente al Sevilla. En el siguiente partido después del clásico, cuajó una actuación bastante mala frente al Wolfsburgo, donde fue superado tanto por Julian Draxler como por André Schürrle en el primer tiempo, en el que el conjunto germano gozó de las mejores ocasiones de gol.
El 21 de abril jugó como titular frente al Villarreal, y cuajó una actuación bastante buena, pese a ser amonestado, y estos son algunos de los ejemplos perfectamente extensibles a este inicio de campaña, en el que sigue teniendo una escasa participación en el equipo. Y así fue el año del lateral brasileño que llegó en el año 2015 al Real Madrid, un año lleno de irregularidad y de serias deficiencias a nivel defensivo, gracias a la cual, ha nadado en la irrelevancia, y en ningún momento ha supuesto una gran competencia para Daniel Carvajal.
