El jugador Juan Carlos Pérez, antes de ser incorporado en la plantilla malaguista, formó parte de diversos equipos como el Real Zaragoza, Real Betis o Granada CF. Cabe destacar que el defensa madrileño inició su carrera como futbolista en Chamartín.
En 2007, ‘Juankar’ jugaba en la Escuela de Fútbol Madrid Oeste Boadilla cuando la cantera del Real Madrid llamó a su puerta. Dos años más tarde, el defensa malaguista debutó con el Real Madrid Castilla en un derbi contra el Atlético de Madrid B. Marcó su primer gol con la cantera madridista el 8 de noviembre frente al Gimnástica de Torrelavega, partido que terminó con victoria blanca.
Tras tres magníficas temporadas en el Real Madrid Castilla, Juan Carlos Pérez debutó en la Primera División Española con el conjunto blanco en un encuentro de Liga que se disputó entre el Real Madrid y el Deportivo de La Coruña, que finalizó con un 6-1 a favor de los merengues.
A pesar de su gran actuación en la cantera blanca, ‘Juankar’ fue cedido al Real Zaragoza por el Sporting de Braga en la temporada 2011/12 en la que disputó 26 partidos y anotó tres goles en Liga. La temporada siguiente, se marchó al Real Betis donde se produjo su debut en la UEFA Europa League. Tras el descenso del equipo bético a Segunda División, Juan Carlos Pérez se fue cedido al Granada CF en la temporada 2014/15.
En el verano de 2015, el Málaga CF se interesó por el lateral izquierdo madrileño. Por eso, acordó su cesión con el Sporting de Braga por una temporada. Tras 20 encuentros y un gol anotado en Liga, el conjunto malaguista consideró que ‘Juankar’ debía seguir al menos una temporada más en su plantilla. En lo que va de temporada, el jugador madrileño ha disputado 11 partidos de los cuales diez ha sido titular y tres sustituido.