Roberto Ayala ha sido uno de los mejores centrales de toda la historia del Valencia. Carácter, garra, fuerza, y lo más importante: sentimiento por el Valencia. El defensa argentino llegó en el año 2000 a Mestalla, y vivió una de las épocas más doradas de todo el valencianismo, coincidiendo con otros iconos ches como Cañizares, Albelda, Baraja o Vicente Rodríguez.

Formado en el Ferro Carril Oeste y después de una corta estancia en el River Plate, Ayala dió el gran salto al fútbol europeo cuando en 1995, el Nàpoles se hizo con sus servicios. Tres años más tarde fichó por el AC Milan, donde ya en su primer año, consiguió coronarse como campeón de la liga italiana. En el año 2000, el conjunto rossonero vendió al central argentino al Valencia por 3 millones de euros.

La llegada de Ayala vino en un momento dulce pero delicado a la vez. El Valencia se había consolidado como un grande de Europa después de haber llegado a la final de la Liga de Campeones con Héctor Cúper al mando del equipo. Desgraciadamente, aquella final la perdió el conjunto valencianista por 3 a 0 ante el Real Madrid. 

En su primer año como jugador del Valencia, el fútbol volvió a ser cruel con el club che. Volvieron a llegar a la final de la Liga de Campeones, y la volvieron a perder, esta vez en la tanda de penaltis frente al Bayern de Múnich. Pero no todo fueron desgracias para Ayala, pues en su segunda temporada, y esta vez con Rafa Benítez en el banquillo, el Valencia se proclamó campeón de Liga.

En la temporada 2003/2004, con Ayala como jefe de la zaga valencianista, el conjunto che consiguió ganar el título de Liga, y además ganaron la Copa de la UEFA por 2 a 0 ante el Olympique de Marsella. Recibió ofertas jugosas de otros grandes equipos como el Real Madrid, pero finalmente se quedó en Valencia.

Después de esa gran hazaña, coincidiendo con la marcha de Rafa Benítez, el central argentino era el dueño y señor de la línea defensiva che. Los tres años más que estuvo en el Valencia los pasó sin pena ni gloria, con buenas actuaciones personales, pero sin grandes éxitos colectivos. En total, Roberto Ayala jugó 253 partidos, anotando 12 goles.

La leyenda valencianista abandonó el club donde había estado 7 años en febrero de 2007, pues no renovó con el Valencia y se fue al Villarreal. Pero en el submarino amarillo no jugó ni un solo partido oficial, ya que el Zaragoza pagó 6 millones por él y se fue al conjunto maño. Después de tres años allí, se retiró en el Racing Club.