Cinco años después, El Madrigal volverá a escuchar el himno de la Liga de Campeones. Aquella temporada, la 2011/2012, el recorrido amarillo por la máxima competición continental se interrumpió de forma brusca y registrando la peor participación de un conjunto español. Cero puntos en la fase de grupos, producto de seis derrotas en seis partidos, y encajando catorce goles por solo dos materializados.
Eso fue el preludio del final de curso futbolístico. El Submarino Amarillo descendió a los infiernos de la Segunda División en una última jornada de infarto en la que la derrota ante el Atlético de Madrid en El Madrigal y la victoria del Rayo ante el Granada condenó al conjunto groguet a la categoría de plata y puso justicia a una temporada irregular.
Iguala el desempeño de la temporada 2010/2011, en la cual quedó cuarto en liga y semifinalista de Europa LeagueSin embargo, el trabajo y el equipo humano y técnico del que goza el equipo castellonense tiene sus frutos y, cinco años después, el Villarreal volverá a pasearse por Europa en la nave de la máxima competición continental tras adjudicarse el cuarto puesto de la Liga BBVA en una temporada excepcional para el conjunto amarillo que, además, fue semifinalista de la Europa League siendo apeado por el Liverpool de la que hubiera sido en Basilea su primera final europea en su historia.
| PUESTO | VICTORIAS | EMPATES | DERROTAS | GOLES A FAVOR | GOLES EN CONTRA | GOL-AVERAGE | PUNTUACIÓN |
| 4º | 18 | 10 | 10 | 44 | 35 | +9 | 64 |
Sin embargo, el campeón de 'la otra liga' no ha conseguido superar esta temporada su techo en cuanto a número de puntos conseguido en una temporada. Además, la derrota ante el Sporting privó al Submarino Amarillo de lograr 67 puntos, lo que hubiese sido su segundo mejor registro histórico de puntos. Así, la actual puntuación conseguida por el Villarreal es la cuarta mejor en sus diecisiete temporadas en Primera División.
| TEMPORADA | POSICIÓN | JORNADAS | VICTORIAS | EMPATES | DERROTAS | GOLES A FAVOR | GOLES EN CONTRA | GOL-AVERAGE | PUNTUACIÓN |
| 2007/2008 | 2º | 38 | 24 | 5 | 9 | 63 | 40 | +23 | 77 |
| 2004/2005 | 3º | 38 | 18 | 11 | 9 | 69 | 37 | +32 | 65 |
| 2008/2009 | 5º | 38 | 18 | 11 | 9 | 61 | 54 | +7 | 65 |
| 2015/2016 | 4º | 38 | 18 | 10 | 10 | 44 | 35 | +9 | 64 |
Marcelino, pese a volver a poner el periscopio amarillo en territorio Champions, no ha conseguido alcanzar el techo de puntos de la historia del club. Un detalle menor en una temporada para enmarcar del comandante García Toral y sus hombres. El Villarreal vuelve a ser de Champions.