Hace más de un año cuando la nave del Submarino cambió de piloto, concretamente el 11 de agosto de 2016. El proyecto encabezado por Marcelino ya era historia. Y faltaban escasos días para disputar la trascendental previa de Champions League ante el Mónaco. La dirección técnica apostó por Fran Escribá para reconducir una nave que había sido golpeada, pero que debía levantarse para afrontar una ilusionante temporada. El ex entrenador del Elche, donde triunfó o del Getafe, donde su paso fue testimonial, afrontaba el reto más especial de su corta pero intensa trayectoria como primer técnico. 

16-17 Objetivo cumplido en Liga

Su debut oficial no fue el soñado. El Mónaco vencía en El Madrigal y el sueño de la Champions se desvanecía. Y en la vuelta se confirmaron los peores presagios. Un duro golpe para todo el equipo y afición amarilla. Lejos de hundirse, las piezas del puzzle de Escriba empezaron a funcionar en Liga. Tras dos primeros empates, llegaba el primer triunfo en la Rosaleda. El inicio de una racha muy positiva para el conjunto "groguet". Y con un empate de mucho mérito en el Bernabéu en la quinta jornada que daba tranquilidad al nuevo proyecto. 

Las jornadas pasaban y el Villarreal continuaba en los puestos punteros de la clasificación. Hasta la jornada 10 no llegó la primera derrota. Trigueros y Castillejo cogieron un mayor protagonismo. En Europa League, el camino se complicó en un grupo sencillo. Y finalmente, el Submarino se clasificó con suspense en la última jornada ente el Steaua de Bucarest. 

En el segundo tramo de la primera vuelta, el equipo sufrió un bajón competitivo, aun así dejó partidos de auténtica categoría como por ejemplo ante el Atlético de Madrid (3-0) o Barcelona (1-1).  La segunda vuelta fue intermitente pero el Submarino se aferró a los puestos de Europa. En un pulso de vértigo junto al Athletic y la Real Sociedad por dos puestos, el Submarino salió victorioso y consiguió el objetivo con una victoria en Mestalla. Quinta plaza , un año más en Europa y objetivo cumplido.

En Europa League el equipo sufrió un revés de parte de la Roma. El conjunto italiano asaltó el templo amarillo (0-4) y culminó el pase en el coliseo romano. En Copa del Rey más de lo mismo. La Real eliminó al Villarreal en octavos con aparente facilidad. 

Inicio sin identidad y despido

Y tras esto, vacaciones y la mira puesta en la 17-18. Salidas de pesos pesados y llegadas de futbolistas de prestigio como Bacca. En la pretemporada la sensación del equipo no estuvo a las expectativas. Y los peores presagios se confirmaron en el inicio liguero. El Levante y la Real Sociedad arrollaron a un Submarino tocado física y psicológicamente. La reacción con tres triunfos ante Betis, Alavés y Astana no fue suficiente. Un empate sin identidad  ante el Espanyol devolvía las dudas en la cúpula amarilla. Unas dudas que se confirmaron en Getafe en una segunda parte impropia del Villarreal. Un 4-0 definitivo para Escriba y su cuerpo técnico. Las piezas de Escriba no terminaron de encajar y la entidad optó por su destitución tras algo más de 13 meses en esta aventura en el conjunto de la Plana. Fran deja el Villarreal con estos números: 59 partidos, 26 victorias, 16 empates y 17 derrotas.

El club apuesta fuerte por la casa, el hombre elegido ha sido Javier Calleja, un técnico sin apenas experiencia a nivel a profesional, pero que que conoce a la perfección la casa amarilla.