Charlotte entró en el año 2016 como la campeona de Divas de la WWE. Defendió el título en Royal Rumble y en Fastlane ante Becky Lynch y Brie Bella respectivamente, reteniendo el título en ambos combates.
Charlotte debería defender el WWE Divas Championship ante Sasha Banks y Becky Lynch en una triple amenaza en Wrestlemania 32, pero en el kick-off del magno evento Lita hizo un anuncio importante. El anuncio de la miembro del Salón de la Fama de la WWE fue la creación de un nuevo título, el WWE Women's Championship, y la nueva campeona sería coronada esa misma noche en la triple amenaza. Con ayuda de Ric Flair, Charlotte hizo rendir a Becky Lynch con la Figure-Eight Leglock y se proclamó como la primera campeona femenina de la nueva era de la WWE.
La primera defensa titular de este nuevo campeonato se llevó a cabo en el primer PPV después de Wrestlemania, Payback. Charlotte derrotó a Natalya en una emulación de la Traición de Montreal. 20 días después en Extreme Rules “La Reina” volvió a derrotar a la hija de la leyenda Jim Neidhart en un Submission Match. En Money In The Bank y Battleground no hubo defensas titulares ya que la campeona estuvo involucrada en combates por parejas.
El 25 de julio, en una edición semanal de Monday Night RAW, Charlotte tuvo que defender el título femenino de la WWE ante Sasha Banks. Durante la lucha Dana Brooke, manager de la campeona, fue expulsada de ringside. Sasha Banks hizo rendir a Charlotte con un Bank Statement y se proclamó como la nueva campeona femenina. Charlotte obtuvo su revancha en el “Evento Más Grande Del Verano”, SummerSlam. Tras revertir un Bank Statement en una cuenta de tres, “The Queen” consiguió por segunda vez el Campeonato Femenino de la WWE. Con la creación del Smackdown Women´s Championship, este título pasó a llamarse RAW Women´s Championship. La primera defensa titular de Charlotte tras recuperar el campeonato fue en Clash Of Champions en una triple amenza ante Sasha Banks y Bayley, donde el título no cambió de manos.
El 3 de octubre Sasha Banks obtuvo su revancha en un uno contra uno y se proclamó campeona por segunda vez. “The Boss” tendría que defender el título ante Charlotte de nuevo, pero esta vez sería, por primera vez en la historia, dentro de una Hell In A Cell. Charlotte consiguió derrotar a Sasha Banks después de estamparla contra una mesa y un Natural Selection. La tres veces campeona volvió a perder el campeonato ante Sasha Banks. Fue de nuevo en RAW, pero esta vez en un Falls Count Anywhere Match. El último combate de esta rivalidad se daría en WWE Roadblock: End Of The Line en un Iron Man Match de 30 minutos. La primera caída fue para la retadora, pero Sasha le dio la vuelta al marcador. A falta de tres segundos “La Reina” hizo rendir a su rival lo que las llevó a una muerte súbita, donde Charlotte hizo rendir de nuevo con la Figure-Eight Leglock a Sasha Banks para ganar por cuarta vez el RAW Women´s Championship.