La primera sesión clasificatoria de la categoría reina fue atrasada unos minutos debido a las condiciones de pista tras la rotura de motor de Johann Zarco en la FP4. Dirección de carrera decidió atrasar la salida para asegurarse de que no había aceite en la pista. Tanto Joan Mir como Franco Morbidelli tuvieron que pasar por la Q1. A Morbidelli, que se situaba primero provisionalmente, le quitaron su mejor giro por exceder el límite de la pista. Finalmente, el italiano consiguió marcar el segundo mejor tiempo y pasar a la Q2, tal y como hizo Cal Crutchlow consiguiendo el mejor tiempo en 1:39.250. Joan Mir saldrá mañana en vigésima posición.
Cinco minutos más tarde de lo establecido, los pilotos salieron a disputar la segunda sesión clasificatoria de este Gran Premio de Portugal. Tras el primer paso por la línea de meta de todos los pilotos, el primero en marcar el tiempo a batir fue Morbidelli con un tiempo 1:39.245, mejor que su propio tiempo en la Q1.
Una vez en la segunda tanda de esta segunda sesión, y tras realizar algunos cambios en los neumáticos, Fabio Quartararo mejoró y se colocó quinto y Zarco sufrió una caída. Morbidelli mejoró su propio tiempo y Stefan Bradl se colocó segundo a tan solo 63 milésimas del italiano. Fue Crutchlow quien le quitó esta posición al sustituto de Marc Márquez. Morbidelli fue el primero en bajar hasta 1:38.936 y poco después, Miguel Ángel Oliveira mejoró este tiempo y se colocó primero, consiguiendo así su primera pole positionde su vida en la categoría reina. Morbidelli saldrá segundo y Jack Miller tercero, completando una primera fila totalmente satélite.
Un dato histórico el que ha conseguido Oliveira, siendo el primer piloto portugués en conseguir la pole position en MotoGP.
Por su parte, Fabio Quartararo saldrá quinto, Maverick Viñales octavo y Álex Rins desde la décima posición, bastante lejos de su máximo rival por el subcampeonato. Andrea Dovizioso duodécimo y Joan Mir vigésimo.