Si è decisa tutta nelle battute iniziali la griglia di partenza del Gran Premio di Repubblica Ceca della Moto2, con Luca Marini che sfrutta alla grande il gioco delle scie con il compagno di team Pecco Bagnaia e vola in pole position, conquistando così la prima partenza al palo della sua carriera, proprio sul circuito dove il fratello Valentino Rossi conquistò la sua prima vittoria in carriera. Il giovane pilota dello Sky Racing Team conferma la superiorità del team italiano e da subito si piazza davanti a tutti stampando il tempo di 2'02.244, con il quale scalza Alex Marquez. Il distacco tra i due è di 115 millesimi. Si deve accontentare del terzo posto, invece, Mattia Pasini, che non riesce a bissare la pole di un anno fa e si ferma a 173 millesimi dal giro più veloce.

In seconda fila è lotta mondiale, con Miguel Oliveira e Pecco Bagnaia separati da 5 millesimi e da un Marcel Schrotter che non è riuscito a dar seguito alle buone prestazioni di ieri. Il portoghese della KTM, comunque, ferma il cronometro in 2'02.446, con il tedesco che si deve accodare per due soli millesimi, mentre il leader iridato non riesce a replicare quanto fatto dal compagno di team Marini e si deve accontentare del 6° tempo a 207 millesimi, dopo aver fatto un ottimo lavoro per aiutare lo stesso Marini. La classifica è, comunque, corta, dal momento che in mezzo secondo sono racchiusi 12 piloti, con Brad Binder 7° ad aprire la terza fila, davanti a Xavi Vierge e Dominique Aegerter, tutti e tre racchiusi nello spazio di 47 millesimi.

Alle spalle di questi tre, in quarta fila, troviamo Lorenzo Baldassarri, che con il suo 2'02.649 chiude la Top10, seguito da Jorge Navarro e Joan Mir, 12° a 504 millesimi da Marini. 13° Iker Lecuona, davanti a Fabio Quartararo e ad un tris di italiani, formato da Andrea Locatelli, Simone Corsi e Romano Fenati, tutti e tre a più di mezzo decimo e separati da circa 2 decimi. 22° tempo per Sam Lowes, mentre Stefano Manzi è l'ultimo degli italiani, in ventisettesima posizione. Chiudono la classifica il francese Jules Danilo, davanti all'andorrano Cardelus e allo spagnolo Medina, mentre il brasiliano Granado non segna nessun tempo cronometrato a causa di una caduta ad inizio sessione.