La pioggia caduta durante il turno di libere della MotoGP e poi continuata anche successivamente ha fatto sì che la Moto3, tornata in pista alle 13 per la seconda sessione, si trovasse davanti ad un asfalto ancora umido, motivo per cui l'attività in pista nella prima parte delle FP2 è stata quasi nulla. L'inattività iniziale è però stata compensata da un finale di turno infuocato, dove i piloti hanno potuto utilizzare le slick, una volta asciugatasi la pista: a prendersi la gloria nelle FP2 è il leader della classifica piloti Joan Mir, girando in 1:59.586, un tempo più alto rispetto al migliore della mattina, a testimonianza che la pista fosse in condizioni peggiori. Dietro di lui Aaron Canet, che dopo la prima posizione delle FP1 rimane comunque nelle zone nobilissime della classifica dei tempi, mentre il terzo tempo appartiene al riminese Enea Bastianini, ancora un volta nelle posizioni che contano dopo una prima parte di stagione negativa.
La sorpresa di giornata è sicuramente Ayumi Sasaki, quarto a mezzo secondo da Mir, prova l'ebbrezza di essere in alto; il giapponese è tallonato da Antonelli, apparso molto in forma in entrambe le sessioni sul circuito di Aragon. Jorge Martin è sesto, seguito da Bezzecchi, mentre Romano Fenati chiude la sua prima giornata ad Aragon con qualche dubbio di troppo, risultando ottavo e incassando 7 decimi dalla vetta. Nono un buon Dalla Porta, mentre l'ultimo dei primi dieci è John McPhee.
Nelle FP2 passo indietro dei piloti dello Sky Racing Team, efficaci nella prima parte bagnata ma indietreggiati alla lunga: Bulega è 12°, mentre molto indietro risultano essere Migno e Foggia. Sarà interessante capire quali potranno essere le prestazioni di Jaume Masia, che nella sua precedente wild card in Austria aveva impressionato tutti per la sua grande capacità di saper stare davanti coi migliori. Domani la pista sarà sicuramente asciutta ed i tempi miglioreranno, e solo chi saprà adattarsi meglio al variare delle condizioni della pista potrà ottenere la pole position.