Después de su paso por el Once Caldas, club en el que llegó a uno de los picos en cuanto a nivel durante su carrera profesional, Jonathan Lopera arribó al Independiente Medellín con el objetivo de sumar por primera vez un título a su palmarés.
Sin embargo, no fueron muchos los minutos que estuvo en cancha, haciendo principalmente las veces de ayuda en la zona de volantes de contención.
En total fueron 12 partidos los que jugó en el semestre, siendo titular en seis ocasiones y saliendo desde el banco de suplentes en otras seis oportunidades. Sumando todos sus juegos, estuvo en cancha durante 590 minutos, los cuales traducen en algo más de seis partidos completos.
De esos 12 compromisos, 10 fueron por Liga Águila y otros dos por Conmebol Libertadores Bridgestone, ante Melgar en Arequipa (solo estuvo dos minutos) y River Plate en Argentina, cuando jugó todo el partido en El Monumental.
Al final fue el jugador número 20 del equipo en cuanto a minutos jugados, superando únicamente a Eduard Atuesta, Mauricio Molina, Nelson Ramos, Luis Tipton, Mauricio Cortés, Carlos Ibargüen y Jhonier Viveros. A eso se suma que 14 integrantes de la plantilla rebasaron la barrera de los 1000 minutos durante la campaña.
Su trabajo en el área de recuperación le dejó un saldo de dos tarjetas amarillas, aunque salió bien librado en cuanto a rojas, pues nunca salió expulsado de un compromiso con la camiseta del DIM.
A poco más de 10 días para el debut del club antioqueño en la Copa Sudamericana, aún no se conocen ofertas por el jugador antioqueño, por lo cual seguramente seguirá en la institución, buscando ganarse un puesto en la nómina titular.