Después de su paso por el Santos Laguna de México, Luis Zubeldía llegó al Deportivo Independiente Medellín en reemplazo de Leonel Álvarez, técnico que en el primer semestre de 2016 se consagró campeón con el DIM, pero que no logró ninguno de los tres títulos que el club antioqueño disputó en la segunda mitad del año.

Zubeldía recibió a un plantel que ya tenía negociaciones en curso y para el cual no pudo pedir jugadores nuevos, más allá del aval que le dio a las directivas para dejar a su compatriota Valentín Viola en la institución.

El argentino nunca había dirigido en Colombia, lo cual dejaba en el aire las ideas de cómo sería el planteamiento del DIM bajo este nuevo mando en la cancha. 

En seis meses demostró que aplica el dicho de que "equipo que gana no se toca", conservaba la plantilla la mayor parte del compromiso y optó por rotar a los jugadores de sus posiciones habituales, siendo esto último lo que más disgustaba a la hinchada, debido a que había jugadores como Luis Carlos Arias que no cumplieron a cabalidad con su nueva función o Christian Marrugo, quien pasó de ser un referente del ataque a un jugador de contención.

Durante su estadía en el Medellín afrontó tres competiciones: la Superliga, la Copa Libertadores y la Liga Águila, con un saldo de tres eliminaciones. 

La Superliga fue el primer desafío, pero el DIM no pudo con un Santa Fe carente de fútbol que aún así se impuso en su estadio y sumó otro título a su palmarés.

El otro objetivo de la temporada era la clasificación a los octavos de la Conmebol Libertadores Bridgestone, compartiendo grupo con River Plate, Emelec y Melgar. Al conjunto de Arequipa lo venció en los dos partidos, pero su verdugo fue Emelec, quien se quedó con los seis puntos en los enfrentamientos entre ambos y, sumado a la derrota en el Atanasio contra River, quedó eliminado del certamen.

Lo que hay por resaltar de los seis compromisos de Libertadores fue que el club por lo menos consiguió acceso a la Copa Sudamericana, torneo en el que debutará a fin de este mes ante Racing. Además, venció a River Plate en el Monumental, hito que nunca había conseguido ante ningún club argentino en su tierra.

En cuanto a la Liga, el DIM alcanzó de la mano de Zubeldía un total de 42 puntos en el todos contra todos, cifra que solo superó Atlético Nacional con 49 unidades. Pese a ello, la destacada campaña inicial se vio opacada en cuartos ante el Deportivo Cali y, tras caer 4-1 en la ida, el 3-1 de la vuelta no fue suficiente para remontar la serie.

La no consecución de los objetivos propuestos, sumado a la propuesta del Alavés español por sus servicios, llevaron a que el técnico argentino dejará el Rojo pocos días después de finalizada la temporada.

En total dirigió 28 partidos en el club antioqueño, con un saldo de 16 victorias, cuatro empates y ocho derrotas. Maximiliano Cuberas, su asistente técnico, se encargó del equipo en dos oportunidades (por expulsión de Zubeldía), ganando un partido ante Santa Fe y registrando una caída contra Bucaramanga.