Atlético Nacional comenzará su periplo en la Liga Águila 2016-II, enfrentando de visitante a Alianza Petrolera, para ser más exactos, en el estadio ‘Daniel Villa Zapata’ de la ciudad de Barrancabermeja. Luego recibirá la visita de Jaguares de Córdoba, en la tercera fecha jugará de visitante ante Rionegro Águilas Doradas. En la cuarta fecha jugará ante Deportes Tolima, en el estadio ‘Atanasio Girardot de Medellín. Así mismo, la institución ‘verdolaga’, viajará a Bogotá para jugar ante Fortaleza.
Atlético Nacional atenderá cuatro competiciones en el segundo semestre: Copa Libertadores, Copa Águila, Copa Suramericana y Liga Águila
El 27 de julio jugaría la ida de los octavos de final de la Copa Águila ante Real Cartagena, esta fecha podría modificarse si Nacional llega a la final de la Copa Libertadores.
Para la sexta fecha, se jugará el primer clásico del certamen, que será de visitante contra Deportivo Cali. En la fecha que sigue, el equipo que dirige Javier Torrente, jugará con los ‘verdolagas’ en Medellín. Más adelante, el frío de Boyacá con su equipo representativo, Boyacá Chicó, será el clima que recibirá a Atlético Nacional, equipo que deberá recibir en la siguiente fecha a Millonarios, en lo que será el segundo clásico del semestre. Para terminar la mitad del certamen, el ‘verde’ será local en el clásico paisa ante Deportivo Independiente Medellín, el 28 de agosto.
Para empezar la otra mitad del certamen, Atlético Nacional viajará a la ‘ciudad bonita’ para jugar contra Atlético Bucaramanga. El cuarto clásico del semestre, será ante Junior de Barranquilla, equipo que jugará de visitante, en la fecha 12, ante los ‘verdes’. Luego, visitará al ‘equipo naranja’, en la ciudad de Envigado. En la siguiente fecha, Jaime de la Pava y sus dirigidos, jugarán de local ante los ‘verdolagas’, en la misma condición, Equidad recibirá la visita de los dirigidos por Reinaldo Rueda. Atlético Huila, jugará de visitante contra Atlético Nacional, en el estadio ‘Atanasio Girardot’ de Medellín.
El segundo episodio del clásico paisa, se jugará el 23 de Octubre, aquí Nacional será visitante, el equipo ‘verdolaga’ seguirá de visita, esta vez será ante Patriotas F.C. El sexto clásico del semestre, será ante Santa Fe, en el estadio ‘Nemesio Camacho El Campín’ de Bogotá. Para finalizar la Liga Águila 2016-II, Atlético Nacional jugará como local contra Deportivo Pasto.
A continuación el fixture completo del equipo 'verdolaga' en la Liga Águila 2016-II:
