Atlético Nacional afrontó cuatro llaves y algunas de ellas llegaron a verse complicadas pero supo responder con jerarquía y sus figuras aparecieron en el momento preciso. Cabe recordar que el equipo antioqueño no jugó la fase de grupos pues se ganó el puesto en octavos de final por representar a Colombia en la Copa Liberadores (de la cual quedó campeón).
Real Cartagena, el susto
Una semana después de coronarse campeón América, Atlético Nacional debutó con nómina alterna en octavos de final de la Copa Águila contra el Real Cartagena y se llevó una sorpresa al ser derrotado 1-2 en casa.
Luego de que los jugadores del conjunto cartagenero le hicieran pasillo de honor al flamante campeón de América, se jugó un primer tiempo sin problemas para Nacional, en el que comenzó ganando 1-0 con anotación de Rodin Quiñones.
Para el segundo tiempo Los Heroicos salieron con mejor actitud y lograron rápidamente el empate con gol de Martín Arzuaga y antes de finalizar el partido un contragolpe de Juan José Salcedo terminó en la segunda anotación para el Cartagena. El partido concluyó así y el visitante daba un golpe contundente.
En la vuelta, el conjunto dirigido por Reinaldo Rueda alineó hombres importantes de la plantilla titular como Orlando Berrío y Miguel Ángel Borja, quienes fueron los encargados de marcar, uno en cada tiempo, los goles que remontaron y pusieron a ganar a Atlético Nacional en el resultado global por 3-2.
Patriotas, victoria sin problemas
En el partido de ida, nuevamente en Medellín, Atlético Nacional tuvo una cómoda victoria de 3-0 con algunos de sus jugadores estelares como Daniel Bocanegra, Alexis Henriquez, Miguel Borja y Matheus Uribe en el terreno de juego.
Muy temprano Daniel Bocanegra anotó en un rebote y dos minutos después Miguel Ángel Borja anotó el segundo. En la etapa complementaria, el mismo Borja hizo el tercero y liquido el partido con un tanto desde afuera del área.
Para la vuelta, Reinaldo Rueda alineó un equipo suplente para defender el resultado y a pesar de que Patriotas se impuso 2-1, lo logró. El primer gol para los de Boyacá lo hizo Mauricio Gómez y el empate transitorio fue de Juan Pablo Nieto, en la segunda parte anotó Larry Vásquez pero no fue suficiente y Atlético Nacional clasificó a la semifinal con un marcador global de 4-2.
Santa Fe, los titulares al rescate
En el primer partido se dio un empate entre los entonces campeones de Libertadores y Sudamericana. Atlético Nacional, con nómina alterna (a excepción de su arquero Franco Armani) no pudo dar el golpe y comenzó perdiendo con un penalti muy bien ejecutado por Jhonatan Gómez, luego, con el ingreso de Andrés Ibarguen y Matheus Uribe, el verdolaga mejoró y logró el empate por intermedio de Arley Rodríguez
Para la vuelta, en el estadio de Techo en Bogotá Reinaldo Rueda utilizó a varios jugadores de la plantilla principal como Franco Armani, Daniel Bocanegra, Alejandro Guerra, Orlando Berrío y Miguel Borja. El verde de Antioquia demostró superioridad y se impuso con un contundente 1-4.
Muy temprano, luego de una triangulación con Guerra y Berrío, el goleador Borja anotó el primer tanto que desempató el marcador global y minutos después Daniel Bocanegra amplió el resultado con un gol de cabeza, donde normalmente Santa Fe se hace fuerte. El primer tiempo terminó 0-2.
En el segundo tiempo Santa Fe intentó mucho en el juego aéreo hasta que consiguió el descuento con Tesillo, pero la esperanza cardenal duró poco porque inmediatamente Orlando Berrío anotó el tercer gol. Finalizando el partido, Miguel Borja anotó de nuevo liquidando así la serie con un global de 5-2 a favor de Atlético Nacional.
Atlético Junior, un viejo conocido en finales
Atlético Nacional y Junior de Barranquilla jugaron su cuarta final en los últimos 4 años (entre Copa, Liga y Súper Liga) y los verdes hicieron respetar su rótulo de favorito al ganar 3-1 la serie y conseguir su tercer título de este certamen.
En el primer partido en Medellín, el Junior dio el primer golpe al adelantarse en el marcador con un cabezazo de Luis Narvaez, pero la reacción del local no se hizo esperar y antes del minuto 45 Ezequiel Rescaldani anotó el empate. En la parte complementaria Nacional no le prestó el balón a su rival y generó muchas ocasiones, en las que Jose Luis Chunga, arquero del Tiburón se hizo figura pero no pudo contener a la ofensiva verdolaga y Juan Pablo Nieto anotó el segundo gol.
Para la vuelta, Atlético Nacional dispuso de su plantilla titular y manejó a su placer el partido completo. Los verdes sostuvieron el balón, intentaron por todos los lados pero no tuvieron contundencia, hasta que en el segundo tiempo, un balón cruzado llegó a los pies del extremo Andrés Ibargüen y anotó el único gol de la final. El resultado parcial quedó 0-1 y el equipo se coronó campeón por tercera vez en 2016, obteniendo el título número 26 de su historia.