Un 26 de octubre de 1917, nació por obra de un grupo de fanáticos en el reconocido bar de Caracas “Back Stop”, el equipo “Magallanes Baseball Club”. Algunas versiones sugieren que el nombre “Magallanes”, se debe a el estrecho de Magallanes, ubicado en Chile y el nombre tenia un contenido simbolico, ya que allí se iban a estrellar todos los equipos que compitieran contra ellos" . Otra versión, afirma que su nombre se debe al gran navegante, Fernando Magallanes.

Entre sus fundadores ,resaltan Juan Carratú y Luis Carratú, la familia Fagre y los turcos Alberto y Ricardo Salomón, Vicente Issa y Eduardo Kalil. Días antes de la reunión, los fundadores del Club habían decidido seleccionar como sede un campo ubicado en los altos de Cútira, detrás de la plaza Pérez Bonalde de Catia.

Para 1918, Magallanes, con sede en Caracas, inicia las prácticas para seleccionar jugadores. En enero el equipo es inscrito en el Campeonato Nacional de Béisbol, venciendo en su primer partido al equipo de Flor del Ávila con marcador de 20 a 6, aunque en las siguientes salidas las derrotas fueron más que las victorias, lo que motiva al equipo a retirarse del torneo.1

Magallanes tuvo una fugaz existencia en el ámbito de la pelota criolla, ya que desaparecería poco después debido a la aparición de la epidemia de gripe española de 1918, que diezmó a la divisa. Entre las víctimas destacó Luis Meneses, único pitcher del conjunto.

En 1927, se refundarian y regresa como un equipo de categoría amateur que ingresó en el torneo de Segunda Categoría de ese año, donde fue eliminado por el conjunto de Estrella Roja al perder 20 a 11.

Sus fundadores unirían esfuerzos y reorganizarían a la divisa para la máxima competición, luego del apartamiento en 1918 por la gripa española se prepararían para participar en los campeonatos anuales que realizaría la liga en ese entonces. Seguidamente en 1930, retaría a uno de los mejores equipos de la liga, el Royal Criollos del barrio de Sarría, y lo vencería en la serie para alzarse con la Copa Londres, desatando la locura en los alrededores de Catia, que se convirtió en la parroquia donde tendría su propio terreno para practicar, al punto de legar su nombre a la populosa barriada conocida hoy como Los Magallanes de Catia. Tras este encuentro empieza a surgir la rivalidad entre Royal Criollos y Magallanes. Despues de esto, sus mayores baluartes fueron dejando el equipo, al aceptar mejores propuestas económicas por parte del equipo Concordia, propiedad del hijo del presidente de Venezuela de la época, Juan Vicente Gomez y por ende, el equipo fue retirado nuevamente del torneo por sus dueños.

Magallanes regresaría a la palestra en 1941, de la mano de Carlos Lavaud, quien logro el anterior dueño del equipo,Carlos Carratu, le cediera el nombre de la institución y de la mano de Vidal Lopez, Jesus Chucho Ramos y Dalmiro Finol, alcanzarían el segundo puesto del campeonato nacional de beisbol.

Carlos Lavaud, tenía un negocio de electrodomésticos, por ende, el apodo de “Los eléctricos“ o “el equipo eléctrico”, con el que hasta la fecha se conoce al Magallanes.

Después de la obtención de la Copa Mundial de Beisbol por parte de Venezuela en el año 1941, se crea la Liga Venezolana de Beisbol Profesional en el año 1946 y el Magallanes, participaría junto a Cervecería Caracas, Equipo Venezuela y Sabios del Vargas, ganando su primer partido a Patriotas de Venezuela por 5-2, anotando la primera carrera de la liga, Luis Aparicio Ortega, el primer boleto es recibido por Vidal López, y el primer lanzador en obtener un triunfo es Alejandro Carrasquel. El club finalizó la temporada en el cuarto puesto con registro de 12-18. El puertoriqueño Benito Torrens se hizo cargó de algunos partidos, mientras que Vidal López finalizaría al mando del conjunto como mánager-jugador, destacando como uno de los jugadores del beisbol venezolano en esta nueva era.

Vidal López , en la temporada 1946-1947, obtendría el primer título de bateo para un jugador del Magallanes, con promedio de .374 y empuja 32, da 11 dobles y 4 vuelacercas para ser seleccionado por el Círculo de Periodistas Deportivos como el Pelotero del Año.

En la temporada 1947-1948, lidero la tabla de posiciones durante la mayor parte de la temporada, pero caería en la final ante Cervecería Caracas en dos partidos. En la temporada 1949-1950, obtiene su primer titulo tras finalizar con record de 32-14 de la mano del cubano Lázaro Salazar (mánager-jugador) y una combinación de talento joven, encabezada por el Novato del Año Luis "Camaleón" García. Vidal López como de costumbre, dirigiría algunos juegos como mánager-jugador. Magallanes participaría en su primera Serie del Caribe en la edición de 1950 celebrada en San Juan, Puerto Rico. El 21 de febrero de 1950 alcanzaría su primera y única victoria en esta edición ante el posterior campeón Carta Vieja de Panamá al vencerlos 3 a 2. El club finalizó con récord de 1-5. El segundo campeonato llegaría en la siguiente temporada y nuevamente se quedaría con las ganas de obtener su primera serie del Caribe, tras finalizar con recod de 2-4. el 14 de febrero de 1952, en juego contra Cervecería Caracas, Camaleón García establece un récord de turnos en un encuentro, al pararse en el home en 9 oportunidades. Por su parte Johnny Hetki permaneció sobre el montículo durante los 18 episodios del mismo partido para fijar un récord aún vigente en el profesional.

El 8 de enero de 1953, Quincy Trouppe, quien anteriormente había sido mánager del club, estableció una marca al recibir 6 boletos en un solo partido ante los Leones del Caracas. En la 54-55, llegaría su tercer titulo y finalizaría segundo en la Serie del Caribe, sin embargo, desaparecería nuevamente, debido a problemas financieros.

En 1956 el Magallanes, seria comprado por los dueños de una famosa empresa publicitaria y hasta la temporada de 1963, la franquicia recibió el nombre de Indios de Oriente y porteriormente e Estrellas Orientales, hasta que Antonio Isturiz (dueño de Estrellas) convence a Carlos Lavaud de venderle el nombre del Magallanes y lo lograría dos meses antes de la temporada 64-65 cuando para beneplácito de la fanaticada, regresarían como Magallanes. El 27 de noviembre de 1964 Camaleón García conecta tres imparables, los números 900, 901 y 902 de su carrera. El 22 de enero de 1965, Alfonso Carrasquel juega su último partido como campocorto en Venezuela, con el uniforme del Magallanes. Al final el conjunto queda eliminado, aunque Camaleón atrapa el liderato de bateadores al promediar .394 puntos.

Para la temporada 1966-67, el 25 de octubre de 1966 a la altura del quinto episodio, Camaleón García toma turno frente al pitcher de Cardenales de Lara Ken Sanders y conecta un hit, para convertirse en el primero que golpea mil hits en la liga, justo cuando participaba en su décima octava.

En la temporada 1967-68 se estrenó la insignia que se haría entrañable para los fanáticos del equipo y el deporte en general: El conocido círculo con una M amarilla que sobresale por delante de un barco blanco en fondo azul.

En la temporada 1969-70, los Navegantes aterrizan en Valencia y bajo la conducción del cubano Carlos "Patato" Pascual conquista su primer título desde la campaña 1954-55, derrotando en esa ocasión a los Tiburones de La Guaira en solo tres juegos. A pesar de partir antes de finalizar la temporada, Gaston repite el título de bateo con .360. Ese año se vuelve a jugar la Serie del Caribe, y el escenario es el Estadio Universitario de Caracas. Magallanes se apoya en el pitcheo y obtiene el primer título del Caribe para un equipo venezolano, venciendo a los representantes de República Dominicana y Puerto Rico.

En la 1976-77 tras liderar la mayor parte del campeonato (82 días en la punta, hasta el 12 de enero de 1978 cuando cae frente a Águilas del Zulia) Magallanes conquista el quinto título de su historia doblegando a los Tiburones de La Guaira y queda segundo en la Serie del Caribe. Dave Parker finaliza como campeón bate con .414 de promedio, la cifra más alta de cualquier pelotero en la historia de la Liga Venezolana de Béisbol Profesional. Mitchell Page lidera las empujadas con 57, los jonrones con 14 y las bases alcanzadas con 140.

En la 78-79, Magallanes alcanzaría un nuevo campeonato de la LVBP y una nueva Serie del Caribe, ante los representantes de México, Puerto Rico y República Dominicana. Con Mitchell Page en plan de héroe al conectar un jonrón decisivo en el noveno inning del último juego, Magallanes sería en ese momento el único equipo venezolano ganador en dos ocasiones del máximo evento beisbolístico del área (1970 y 1979).

Después de quince años de la obtención de su último título (torneo 1978-79), el 31 de enero de 1994, Magallanes volvió a ser campeón del béisbol venezolano tras derrotar a su eterno rival, los Leones del Caracas. Los Navegantes, además de llevarse el trofeo, tuvieron en sus filas a varios de los peloteros más destacados de la contienda. El lanzador zurdo Juan Carlos Pulido logró cosechar once triunfos en la ronda eliminatoria para erigirse en el Pitcher del Año. Luis Raven, adquirido en una negociación realizada con el Caracas antes de iniciar la campaña, se convirtió en el Novato del Año. Fue co-líder en jonrones (7) y segundo en average (.345), además de figurar segundo detrás de Luis Sojo en la escogencia del Jugador Más Valioso. El 5 de noviembre se produjo el debut de Álvaro Espinoza con la camiseta del club, y el 26 de noviembre el equipo realizó una importante transacción que llevó a William Magallanes a Caribes de Oriente a cambio de Oscar Azócar, quien a la postre sería figura de primer orden en la conquista del campeonato.

En la temporada 1995-96 a pesar de terminar con récord negativo de 29 ganados y 31 perdidos durante la ronda eliminatoria (en el segundo lugar de la División Oriental a 3 juegos del Caracas), los Navegantes se crecieron a partir del round robin para terminar alzándose merecidamente con el título del histórico torneo el cual se celebró el 50º aniversario de la Liga Venezolana de Béisbol Profesional.

Los Navegantes del Magallanes conquistarían su segunda corona consecutiva y la tercera en cuatro años en la temporada 1996-97. Tras terminar con el mejor registro de la ronda eliminatoria (33 victorias y 17 derrotas) y en el Round Robin (12 victorias y 4 derrotas).

Despues de perder sus dos finales anteriores, en la 2001-2002, Navegantes del Magallanes se desquita para conquistar el décimo título en la historia de la divisa en la temporada 2001-02. La nave turca transitó una complicada fase regular en la cual tuvo balance negativo de 30 y 32 para finalizar en el segundo lugar de la División Oriental, con lo cual sumó trece campañas seguidas pasando a la postemporada. Posteriormente, la escuadra carabobeña se transformó en el todos contra todos para encabezar cómodamente esta etapa con registro de 12 y 4, incluyendo una racha de nueve triunfos consecutivos que constituyen un récord para el Round Robin. En la final Magallanes superó en cinco encuentros a los Tigres de Aragua, coronándose monarca del circuito venezolano por cuarta vez en las últimas nueve temporadas. El 2 de diciembre de 2001, frente a Tiburones de La Guaira, Carlos Guillén, Robert Machado y Luis Landaeta dispararon jonrones en turnos consecutivos en el sexto inning frente a Dan Wheeler, empatando así la marca de vuelacercas seguidos para un club en un episodio.

En la 2012 – 2013 y de la mano desde el incio en la dirigencia de un pelotero emblema del equipo, como lo es el llamado “Almirante”, Carlos Garcia, Magallanes alcanzo su undécimo titulo

Garcia tuvo que abandonar por motivos personales al equipo y finalmente Luis Sojo, se haría cargo del Magallanes hasta la obtención del titulo. En la 2013-2014, sucedería lo contrario; Sojo arrancaría la temporada pero Garcia, tomaría las riendas del equipo desde el round robin y el equipo “eléctrico”, alcanzaría un nuevo trofeo, el primero en este caso como manager, para Garcia, siendo la tercera vez que logra hacerlo de manera consecutiva en su historia. En la 2014-2015 y en la 215-2016, llegaría hasta la final, perdiendo ambas.

Magallanes, tiene como sede desde 1966, al Jose Bernardo Perez de la ciudad de Valencia. Un hecho curioso del estadio, es que en el diseño del campo de béisbol, el triángulo del home apunta hacia el polo sur, cuando la gran mayoría de los campos de béisbol del mundo, se acostumbra a que apunte hacia el polo norte.

Magallanes, cuenta con un salón de la fama, donde hasta ahora, se encuentran:

Vidal López (fallecido),Luis Peñalver,Aurelio Monteagudo,Dámaso Blanco,José Bracho,Luis Aparicio Ortega,Héctor Benítez, Lázaro Salázar (fallecido), Alejandro Carrasquel, Ernesto Aparicio, Gustavo Gil, Roberto Muñoz, Alfonso Carrasquel (fallecido), Ramón Monzant, Jesús Ramos, Dalmiro Finol, Luis García, Manuel García.

El equipo, Navegantes del Magallanes es uno de los que mayor fanaticada tiene en el país (28.38%), acompañado por su eterno rival, los Leones del Caracas (23%). La encuestadora Datanálisis confirma este planteamiento en un reciente estudio, donde afirman que el Magallanes es la divisa que tiene mayor fanaticada en el país.