Ya en el ocaso de su carrera, y tras un efímero paso por la MLS, llegó a los Pumas de la Universidad, Francisco Palencia, un jugador se respaldaba en su amplia trayectoria dentro del máximo circuito azteca, además de su paso por el futbol español y su destacada participación como seleccionado nacional y que a la postre pasaría a convertirse en un referente para la exigente afición auriazul.
El arribo del apodado 'gatillero' al equipo del pedregal se dio en el torneo Clausura 2007 como una apuesta de la directiva del club, decisión que no fue del agrado de la parcialidad universitaria, pues el delantero había formado parte de las Chivas Rayadas del Guadalajara y de la 'Máquina Celeste' de la Cruz Azul, dos de los equipos con los que mayor rivalidad deportiva se genera, además de pensar que a su edad poco podría aportar al desempeño de los universitarios.
Sin embargo, bastaron unos cuantos partidos para que Palencia cambiara de manera radical la opinión de los aficionados, pues mostrando sus dotes futbolísticos intactos, sumados a su inacabable lucha y entrega, hicieron al jugador un infaltable en el once titular y uno de los consentidos por el “pueblo azul y oro”.
Los números obtenidos de Palencia con los felinos no hacen más que ratificar su importancia en el club, pues Paco logró hacerse presente en el marcador en 19 ocasiones tras haber participado en 155 encuentros oficiales, además de ser un elemento fundamental en la obtención del 6to y 7mo título del Club Universidad, los cuales se consiguieron al vencer a los Tuzos del Pachuca (2009) y Monarcas Morelia (2011), incluso contra este último, logró hacerse presente en el marcador en dos ocasiones.
Finalmente, el retiro del futbol profesional se dio al finalizar el Apertura 2011, y sin duda alguna desde ese momento, los aficionados felinos esperan con ansias que Palencia pueda volver a C.U. en busca de repetir sus logros como jugador, aunque ahora en otra faceta.