Al igual que el primer equipo, las fuerzas básicas del club Jaguar han tenido un complicado andar en el Clausura 2016 que empieza a entrar en su fase definitiva y que de querer meterse a la liguilla, los felinos deben apretar el paso, pues aún se encuentran lejos de la zona clasificatoria.

La categoría Sub-20 ha sufrido bastante en las 8 jornadas disputadas en este torneo, pues de estos encuentros sólo han ganado en una ocasión en la Jornada 7 cuando recibieron a las Chivas Rayadas del Guadalajara. Acumulan 4 derrotas (la más reciente ante León) y dos empates. 

En su visita al Nou Camp dentro de la Jornada 8, los Jaguares Sub 20 cayeron por marcador de 3-2 frente a los Esmeraldas del León, con goles de Daniel González y Miguel Martínez al minuto 71' y 92' respectivamente por parte de los chiapanecos. Mientras que por los locales, los encargados de firmar la victoria fueron Jorge Durán, Marco Bueno y José Ruíz al 46', 65' y 85'.

Luego de esta derrota, los Jaguares Sub-20 se quedarán en la posición 14 con 5 puntos y aún lejos de la zona de liguilla. El equipo dirigido por Carlos Arangio marcha como una de las peores defensivas del torneo, ya que se encuentra en la treceava posición en este rubro con 15 goles encajados, así como la onceava mejor ofensiva con 9 goles anotados y teniendo a Daniel González y Miguel Ángel Martínez como mejores anotadores del equipo con dos goles cada uno.

Por su parte en la categoria Sub-17, los Jaguares se encuentran en puestos de liguilla al marchar en sexto lugar con 13 puntos producto de 4 victorias, un empate y dos derrotas y que además luce como invicto en casa tras cuatro partidos.

En el último partido, los dirigidos por Juan García cayeron ante los Panzas Verdes de León en las instalaciones de la Casa Club Esmeralda por marcador de 2-1 con goles de Josué Sánchez y José Castillo al 24 y 52 por parte de León; mientras que por Jaguares, José Cobián descontaría el marcador al minuto 57.

Luego de esta dolorosa derrota, los chiapanecos se quedaron en el sexto lugar general, aún esperando el resultado entre Chivas y Xolos en el cierre de la jornada 8 pues de ganar, los de Guadalajara llegarían a 16 puntos y superarían por uno al Jaguar; mientras los Xolos ganando alcanzarían en puntos pero se quedarían abajo de los felinos por diferencia de goles.

Los de la selva marchan como la mejor ofensiva en este torneo con 17 goles anotados y teniendo a José Antonio Cobián como goleador del mismo con 8 goles en 7 partidos jugados. Mientras que en la tabla de defensivas, los de Tuxtla marchan en la séptima posición con 9 goles en contra.