Desde su fundación, misma que ocurrió el 2 de agosto de 1954, el conjunto de los Pumas de la Universidad Autónoma de México, ya sobresalía por el simple hecho de ser un equipo de una institución educativa.

El equipo auriazul a lo largo de su historia ha ganado siente copas en la Liga MX, lo que lo coloca en el sexto en la historia del futbol mexicano, estas Copas no hubiesen sido posibles sin algunos entrenadores que en su paso con la UNAM han logrado marcar la historia con su sello.

Uno de ellos fue el húngaro Arpad Fekete, quien logró que los Pumas conquistaran su primer título en el máximo circuito en la temporada 1974-1975, mismo año donde lograron adjudicarse el Campeón de Campeones. Este entrenador fue el encargado de debutar a 'Cabinho'.

Velibor Obrad Milutinovic, mejor conocido como 'Bora' Milutinovic, fue otro personaje que ha dejad su huella, nombrado Director Técnico de los Pumas tras el primer campeonato del equipo en el máximo circuito, dando pie a que se iniciáse la tradición de nombrar a ex jugadores como técnicos.

'Bora' dirigió al conjunto auriazul de 1977 a 1983, dirigió cuatro torneos, donde los primeros dos logró ser subcampeón, en la temporada 1980-1981, logró ser campeón en la Liga, en la Concachampions y en la Copa Interamericana. Cabe destacar que en su dirección estuvo a cargo de Hugo Sánchez, 'Cabinho', Juan José Muñante, Manuel Negrete y Ricardo Ferreti.

En el 2000, Hugo Sánchez, jugador con buenos antecedentes en el Club, llegó como Director Técnico, a pesar de haber levantado al conjunto universitario, fue cesado por tener conflictos con la Directiva de los felinos.

Para el Invierno 2001, Sánchez regresa, logrando meter a los Pumas a dos semifinales consecutivas y logrando llegar a octavos de final en la Copa Libertadores. Este entrenador logró levantar al equipo, llevándolo al bicampeonato de Liga, donde vence en el Clausura 2004 a Chivas en penales y el Apertura 2004, sobresaliendo ante Monterrey 3-1.

Esa fue la época dorada en Pumas, ya que ese mismo año se consagran Campeón de Campeones ante Pachuca y gana el Trofeo del Santiago Bernabeú, con gol de Israel Castro.

Al igual que Hugo Sánchez, Ricardo Ferretti es otro entrenador que ha tenido dos etapas con los Pumas, la primera  fue de 1991 a 1996, donde logró llevar al equipo a dos liguillas y dos fases de recalificación.

La segunda etapa inició en el 2006, donde la Directiva de Pumas le confía al equipo para sacarlos de la zona de descenso, misma que Ferretti logra superar y lleva al equipo a un subcampeonato en el Apertura 2007 y para el Clausura 2009 logra el sexto campeonato de Pumas.

Tras la salida de Ferretti a Tigres, Guillermo Vázquez se quedó a cargo de los felinos en el Apertura 2010, este torneo no fue fácil para los de la UNAM, quienes lograron calificar a la Liguilla en la última jornada tras ganarle al América, logrando llegar a semifinales, donde fueron eliminados por Monterrey.

Para el Clausura 2011, Pumas conseguiría su séptimo título a cargo de Guillermo Vázquez, quien logró que los unamitas fueran catalogados como el equipo más convincente, logrando ir escalando poco a poco en Liguilla para lograr vencer a Morelia en la final con un marcador global de 3-2.