Efraín Juárez debutó en la primera división jugando para los Pumas de la UNAM, donde pronto se ganó el puesto de titular en el equipo, siendo una pieza clave. Su desempeño con el conjunto universitario lo llevó a ser llamado por Hugo Sánchez a la selección absoluta de México, pasando a ser un habitual desde ese momento.
Juárez fue parte de Pumas entre 2008 al 2010 y fue campeón del torneo Clausura 2009 con los felinos. Después de su actuación en el Mundial de Sudáfrica, se fue al Celtic.
Su aventura en Escocia comenzó muy bien. Fue titular indiscutible e incluso marcó un gol en la fase previa de la Champions League frente al Sporting de Braga, aunque el Celtic finalmente cayera eliminado. Tras una lesión en un entrenamiento, después de su lesión el entrenador Neil Lennon decidió probar con otros jugadores.
Se fue a España con el Real Zaragoza de Javier Aguirre pero la mala situación del equipo nunca lo dejo destacar y regresó al América en el 2012.
Con el América, durante los primeros partidos fue titular, pero una lesión sufrida durante un juego de Copa MX lo alejó cerca de seis meses de la cancha y tras recuperarse, su lugar ya había sido suplido. Logró estar en el campeonato del Clausura 2013 pero debido a su poca actividad llegó a Monterrey.
En la “Sultana del Norte” Efraín Juárez llegó con los Rayados en el Apertura 2013. Siendo uno de los refuerzos junto con Dorlan Pabón y Lucas Silva.
El gol más emotivo que marcó, fue el del Clásico Regio 106; primer clásico del norte disputado en el Estadio BBVA Bancomer. Logrando sacarse la espina , debido a que en el pasado clásico salió expulsado.
Después de casi 5 años en la institución, perdió 2 Finales de Liga y conquistó la Copa MX. Actualmente juega con el Vancouver Whitecaps de la MLS.