Fue en el Clausura 2012 que, después de una etapa exitosa con los Pumas de la UNAM, Víctor Mahbub dejó el cargo como presidente para ser relevado por el Ingeniero Jorge Borja Navarrete. En medio de dudas sobre su capacidad en los deportes, el experto en las ramas energéticas hereda un equipo con triunfos recientes y la tarea de renovar al equipo desde sus bases.
Borja toma decisiones que parecían ilógicas en un principio. Decide no renovar a Guillermo Vázquez, puesto que no había dinero para refuerzos y prueba con un hombre que no nació en Cantera, aunque fue bicampeón con el equipo en el 2004: Joaquín del Olmo.
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Una decisión polémica y equivocada, pues el 'Jaibo' no cumplió con la expectativas y se fue en la jornada 6 del Apertura 2012, con una derrota, un empate y cuatro derrotas. La seguidilla de técnicos, aunado a la poca experiencia de Alberto García Aspe como director deportivo hace que la cadena de errores se expanda, al punto de traer al técnico más repudiado de los últimos años de la afición: Mario Carrillo (con un pasado americanista bastante conocido).
Fue hasta entrado el Apertura 2014, y con una presión en redes sociales fuerte, que Borja contrata a un ser de experiencia como Antonio Sancho, quien regresa a Vázquez al equipo y se vuelven a los triunfos, llegando incluso a una final en el Apertura 2015.
En esos primeros dos años, los universitarios calificaron en dos de cuatro torneos con dos técnicos distintos (Antonio Torres Servín y José Luis Trejo), y solo se pudo llegar a cuartos de final, donde se quedó eliminado ante América y Pachuca respectivamente.
Dicen que la historia tiende a repetirse... A mediados del Clausura 2016, Borja Navarrete deja a la institución para que tome su lugar Rodrigo Ares de Parga. Después de una dolorosa derrota en Cuartos de Final de la Copa Libertadores, Guillermo Vázquez vuelve a renunciar al equipo y llega un jugador que no nació en Cantera pero fue campeón dos veces, tanto en 2009 como en 2011: Juan Francisco Palencia.
Tres torneos tiene Ares de Parga al frente del equipo. Aunque la situación es más transparente en el entorno con los proyectos de Cantera 2 y la renovación de fuerzas básicas (algo que le faltó a Borja Navarrete en cuestión de infraestructura), el primer equipo está todavía en un entorno que raya en la crisis. Tres temporadas y una seguidilla de técnicos. Solo se ha calificado una vez en su gestión (en el Apertura 2017) y fue eliminado por Tigres de manera contundente.
Si es cierta la premisa de la historia, podemos entonces tener cierta esperanza de que los del Pedregal podrán calificar en este Clausura 2018, a pesar de tener todo en contra y hacer notar un 'autosabotaje' después de un inicio glorioso con David Patiño como estratega. En esta década, los presidentes tardan un poco en carburar con resultados. Solo será cuestión de esperar si este presagio de las victorias llega a darse.