Formado en las fuerzas básicas del Cruz Azul, Palencia debutó como futbolista profesional el 23 de diciembre de 1994 en el partido entre Cruz Azul y Correcaminos de la UAT que terminó 3-2. En el equipo cementero recibió el mote de Niño por su corta edad.

Paco, vivió el último campeonato de Cruz Azul en aquel lejano invierno 97 como pieza clave y fundamental del equipo. Se convertiría rápidamente en ídolo celeste y jugador con gran cariño por la afición gracias a sus destacadas actuaciones, tan es así que ante la partida de Caros Hermosillo en 1998, él pasaría a tomar el brazalete de capitán.

Fue partícipe de la gran hombrada mexicana de la Máquina en la Copa Liberadores al llegar a enmudecer a la Bombonera de Boca Juniors en la final del 2001 y alcanzar la tanda de penales. El resto, todos lo conocemos.

Su destacada actuación le alcanzó para emigrar al viejo continente con el Espanyol de Barcelona aunque no todo fue bueno ya que por diferencias con el cuerpo técnico tuvo que regresar al que, en aquellos tiempos, era el equipo de sus amores y quien lo vio nacer.

Un año después de nuevo tuvo diferencias en su carrera tuvo, en esta ocasión con la directiva de Cruz Azul, quien prefirió venderlo a las Chivas donde se convertiría en referente del equipo. Con el Rebaño logró el subcampeonato del Clausura 2004 contra su posterior equipo los Pumas.

En Guadalajara permaneció de 2003 a 2005 y lo único que consiguió fue ese ya mencionado subcampeonato para después cambiar de aires. Y aunque siguió perteneciendo a la misma institución, ya no lo hacía en su natal país, Palencia había decidido ir a la MLS a jugar con Chivas USA.

Pasaría sin pena ni gloria en tierras estadounidenses para que dos años después regresara al fútbol mexicano con los Pumas de la UNAM a vivir, tal vez, sus mejores épocas.

Con los felinos saldría campeón en par de ocasiones, en Clausura 2009 y Clausura 2011. Fue así, un 28 de noviembre del 2011 cuando el “Gatillero” colgaría los botines para dar paso a su leyenda y emprendiera su carrera como director técnico. Actualmente es entrenador de los Lobos BUAP.