A pesar de eso, a los rojinegros nos suele complicársele los encuentros contra los nuevos integrantes del torneo, al estar invicto desde el 2013 con tres empates y dos victorias. Además en todos los duelos los tapatíos han sido locales al momento de enfrentar a los “novatos” de la Liga.
El más reciente encuentro entre el Atlas y algún equipo recién ascendido fue en contra de los dirigidos por Rafa Puente Jr. Durante el Apertura 2017 vs Lobos BUAP, el partido terminó 1-1 con un cabezazo de Daniel Arreola al 87 y el empate por parte de Amaury Escoto a un minuto de terminar el duelo en el Jalisco.
Apertura 2016, Atlas llegó como 12do y se enfrentaba a Necaxa que marchaba un lugar por arriba de los locales, 11vo puesto. Se dividieron puntos en el Coloso de la Calzada Independencia, un partido sin anotaciones y malo como el torneo de los rojinegros que terminaron 15to en la tabla general.
Para el Apertura 2015, con Gustavo Matosas como entrenador de la Academia se consiguió derrotar a los Dorados de Sinaloa, el Estadio Jalisco fue la sede del 3 a 2 donde marcaron Franco Arizala, Felipe Baloy y Neri Caballero.
En el Apertura 2014, el Atlas pasó por uno de sus mejores torneos cortos al mando del “Jefe” Tomás Boy, que llegaba al encuentro como segundo en la clasificación y además invicto, con 1 empate y tres victorias consecutivas, al verse las caras ante su vecino Leones Negros que marchaban como último lugar, el delantero Luis Caballero al minuto 89 dejó al balón en la red tras un gol de penal de manera soberbia y con clase al centro de la portería, sin tanta potencia.
Durante el Apertura 2013, los de la perla tapatía empataron en un atractivo encuentro ante Veracruz, un marcador de 3 a 3 que se consiguió “A lo Atlas” con dos goles sobre el final del partido para lograr repartir puntos con los escualos, las anotaciones locales fueron de Omar Bravo (p), Vicente Matías Vuoso y Edson Rivera.