Después de varios días de mucha especulación, se dio a conocer el calendario del torneo Apertura 2016 del Ascenso Bancomer MX y con ello la agenda que tendrá Potros UAEM en su primer certamen como integrante de esta división, a la cual ascendió hace un mes tras derrotar a la 'Jaiba Brava'.
Sin duda, la permanencia en la 'Liga de Plata' no será un reto sencillo para la escuadra dirigida por Omar Ramírez, ya que deberán tener resultados positivos para librarse del descenso, y más cuando se enfrenten a rivales directos como Cimarrones de Sonora, Dorados de Sinaloa, Loros de Colima y Tampico Madero.
| JORNADA | FECHA | LOCAL | VS | VISITA | HORA | ESTADIO |
| 1 | 16/07/16 | Potros UAEM | 2-4 | Leones Negros | 19:00 | Alberto Córdova |
| 2 | 22/07/16 | Murciélagos FC | 1-2 | Potros UAEM | 22:05 | Centenario LM |
| 3 | 29/07/16 | Potros UAEM | 1-0 | Tampico Madero | 19:00 | Alberto Córdova |
| 4 | 06/08/16 | Lobos BUAP | 1-1 | Potros UAEM | 17:00 | Universitario BUAP |
| 5 | 13/08/16 | Dorados | 0-1 | Potros UAEM | 21:00 | Banorte |
| 6 | 20/08/16 | Potros UAEM | 2-1 | Coras FC | 19:00 | Alberto Córdova |
| 7 | 27/08/16 | FC Juárez | 2-0 | Potros UAEM | 20:00 | O. B. Juárez |
| 8 | 02/09/16 | Potros UAEM | 1-1 | Cimarrones | 19:00 | Alberto Córdova |
| 9 | 10/09/16 | Loros de Colima | 0-0 | Potros UAEM | 19:00 | O. U. de Colima |
| 10 | 16/09/16 | Potros UAEM | 1-0 | Alebrijes | 19:00 | Alberto Córdova |
| 11 | 23/09/16 | Correcaminos | 1-0 | Potros UAEM | 20:00 | M. R. Gómez |
| 12 | 30/09/16 | Potros UAEM | 2-2 | Zacatepec | 19:00 | Alberto Córdova |
| 13 | 14/10/16 | Atlante FC | 0-1 | Potros UAEM | 20:00 | A. Quitana Roo |
| 14 | 21/10/16 | Potros UAEM | 6-1 | Venados FC | 19:00 | Alberto Córdova |
| 15 | 29/10/16 | Celaya FC | 2-1 | Potros UAEM | 19:00 | M. A. Valdés |
| 16 | 04/11/16 | Potros UAEM | 2-1 | Mineros | 19:00 | Alberto Córdova |
| 17 | 12/11/16 | Cafetaleros | --- | Potros UAEM | 19:00 | O. de Tapachula |