En su Centenario los Rojinegros se quedaron en el camino y lejos de poder pelear por el campeonato del Torneo Apertura 2016. Atlas no pudo consolidarse a lo largo del torneo y con ello, sumaron un fracaso más en su historial.

Para esta temporada los tapatíos culminaron con cuatro triunfos, siete empates y seis derrotas,  registrándose así  en el quinceavo puesto de la tabla general con 19 unidades, con una diferencia de goleo de -4, teniendo una efectividad del 37%. 

Ahora bien, a lo largo del torneo los mediocampistas tuvieron que hacerse presentes con los goles, puesto que los delanteros les falto contundencia a la hora de estar frente a la portería. Durante  las 17 jornadas los medios sacaron la casta y anotaron 9 anotaciones ante 7 de los atacantes.

De igual manera, otra de las circunstancias  que se le presento a la academia, fue la manera de armar un cuadro titular competitivo que se repitiera cada jornada, fueron varios jugadores que vieron acción en la campaña, solamente en tres juegos se repitió una alineación, otro de los problemas fue las lesiones de hombres claves como Cándido Ramírez, Christian Tabó, Flavio Santos y Rodrigo Salinas que terminaron constándole a los rojinegros en este Apertura 2016.

Los mediocampistas que tuvieron más acción en el terreno de juego fueron Luis Reyes con 1350 minutos, seguido de Luis Robles con 1029, Bryan Garnica con 1014 minutos Daniel Álvarez con 812 y , Javier Salas con 798 minutos en la cancha.

Fue la media cancha que les dio más desequilibrio al conjunto atlista donde fue la base que le dio más juego y repartió los balones a los atacantes para romper las redes, uno de los jugadores más regulares en el medio campo fue Luis Robles que vio acción como titular en 12 ocasiones, se le vio recuperando y luchando cada balón junto a Márquez en la contención. 

Uno de los rojinegros que fue revelación es Bryan Garnica, volante quien con tan solo 20 años de edad, se ganó un puesto en el once titular del Profe Cruz gracias a su gran aporte ofensivo el cual mostró ser un encarador, centrador y generar un buen futbol, sin duda que en la próxima campaña buscará seguir en ascenso.

La directiva de Atlas se plantea reforzar de buena manera en cada zona para tratar de romper esa mala racha de quedar fuera de la liguilla por torneo consecutivo, los tapatíos buscarán ser un candidato fuerte para el título del Clausura 2017.