El torneo de Copa regresó en el 2012 para convertirse en un dolor de cabeza para Pumas. A pesar de ya ser campeón de esta competición, pues la ganó en la temporada 74-75, la nueva versión sólo ha significado fracaso tras fracaso pues de las 8 veces que se ha disputado el trofeo en su nueva versión, los universitarios sólo han avanzado de la fase de grupos una vez.
Apertura 2012
Después de 15 años de ausencia, el torneo de Copa estaba de regreso. Con 4 equipos por grupo, Pumas tuvo como rivales a Celaya, Xolos y Mérida. Con los primeros, Pumas no pudo ganar ni el partido de ida, ni el de vuelta.
En la tercera y cuarta fecha del certamen, Pumas enfrentó al equipo de Mérida y el saldo fue una victoria en casa y una derrota de visita. Así que contra el equipo de la frontera se definía todo, pero Pumas no pudo ganar ya que en Ciudad Universitaria empataron a dos goles, y en Tijuana, la jauría gano dos goles por uno. Con sólo 6 puntos en el torneo. Pumas estaba fuera.
Clausura 2013
Por segunda vez, Pumas tuvo en su grupo a Celaya y a Mérida, así que el único rival con el que no se había enfrentado era el Puebla. Con la mira en la revancha, los auriazules lograron poco. En las dos primeras fechas del certamen, los auriazules enfrentaron al equipo de Yucatán: en el primer juego perdieron un gol por cero de visita; sin embargo, en el juego de vuelta, Mérida se llevó 5 goles en contra y ninguno a favor.
Contra Celaya, Pumas empató tanto en casa, como de visita. Para terminar la fase de grupos, Puebla era el rival a vencer: en el primer juego, en Ciudad Universitaria, sólo hubo empate a un gol. Pero en el partido disputado en Puebla, Pumas ganó 3 goles por cero. De nueva cuenta, los universitarios se quedaban en la fase de grupos.
Apertura 2013
Leones Negros, San Luis y Querétaro fueron los rivales de Pumas para este nuevo torneo. De los 6 juegos en la fase de grupos, los auriazules tuvieron tres victorias, y tres empates. Con 12 puntos en la bolsa, era la primea vez que los de la capital avanzaban a los cuartos de final. Atlas fue el rival de aquel partido; sin embargo, los tapatíos ganaron dos goles por uno y dejaban a los auriazules en el camino.
Clausura 2014
Los rivales en esta nueva oportunidad fueron el ya muy conocido Mérida, Atlante y Delfines. Con 2 victorias, dos empates y dos derrotas, que dieron un total de 8 unidades, los felinos se quedaban una vez más en la fase de grupos.
Apertura 2014
De nueva cuenta en lo que iba del certamen, Pumas enfrentaría a Mérida, además de Atlante y Toluca. Pero este torneo fue bastante malo para los felinos en cuanto a producción de puntos pues sólo hicieron 5 en seis partidos, resultado de sólo una victoria, dos empates y tres derrotas. Con tan pocas unidades, los auriazules se quedaban de nuevo en la fase de grupos.
Clausura 2015
Dos victorias, un empate y tres derrotas le dieron en esta oportunidad sólo 7 unidades a Pumas: la fase de grupos volvió a ser su lugar favorito. Esta vez Alebrijes, Zacatepec y Chiapas fueron los rivales.
Apertura 2015
Este nuevo torneo pareció ser una calca del pasado pues Pumas obtuvo 7 puntos producto de dos vitorias, un empate y tres derrotas. Además, se repitieron dos rivales de la edición pasada: Chiapas y Alebrijes. La única cara nueva fue Tapachula. Asimismo, los felinos no pasaron de la fase de grupos.
Con una ausencia de un año por competencias internacionales, Pumas regresó este 2017 a la Copa Mx. Ahora el formato ha cambiado y sólo se enfrenta a dos rivales: el viejo conocido Celaya y Monterrey. La primera fecha ya se jugó y fue de visita en Guanajuato con un resultado de empate a un gol. Sin embargo esta puede ser la oportunidad que toda la nación felina espera para trascender en este torneo.