El conjunto de la comarca lagunera realizó su pretemporada en tres fases. La primera fase se llevó a cabo en Torreón, donde realizaron trabajo en las Dunas de Bilbao para revisar la forma física en la que llegaron después de vacaciones.
La segunda fase de pretemporada se realizó en Cancún donde los laguneros se enfocaron en realizar ejercicios con pelota y al planteamiento táctico del técnico. Llevaron a cabo 14 entrenamientos y para finalizar sus labores de pretemporada se enfrentaron a los Potros de Hierro del Atlante donde los albiverdes se llevaron su primer triunfo de cara al inicio del Apertura 2017.
La tercera fase consistió en una gira por los Estados Unidos donde se jugaron cuatro partidos. El primero fue contra el actual campeón, Chivas, y el cual tuvo un abultado marcado de 5-0 a favor de los laguneros donde aparecieron varios jugadores importantes para el ataque santista: Djaniny Tavares, Brian Lozano, Ronaldo Cisneros, Emilio Armenteros y Ulises Dávila. El segundo partido fue contra el América, donde Santos cayó 2 a 3 y a pesar de que el conjunto santista lograba tener la posesión de la pelota, las águilas lograban encontrar espacios para atacar.
El tercer encuentro fue contra el conjunto de la MLS, San Antonio F.C donde empataron a un tanto en tiempo regular y el ganador se definió en tanda de penales, donde el conjunto de la comarca salió vencedor al vencer al equipo de San Antonio 4 a 3. El último encuentro de pretemporada que disputó Santos fue en contra de los Diablos Rojos de Toluca en el Dell Diamond Stadium. Los diablos abrieron el marcador de la mano de Rubens Sambueza, pero antes de que llegará el descanso, Julio Furch emparejaría las acciones. Al segundo tiempo apareció el doblete del argentino para darle la delantera a los laguneros pero Gabriel Hauche empataría el marcador y el ganador se decidiría en penales donde Toluca resulto ganador.