Ao todo foram 18km a percorrer a cidade algarvia, naquela que foi a terceira etapa da prova. Com 179 ciclistas a partirem Luis León Sanchez da Astana era o camisola amarela, depois de ter vencido a etapa anterior.
Num contra-relógio individual marcado por um percurso irregular no chamado pavet o ciclista da equipa cazaque acabou por cair durante a prova, não chegando à linha de meta. A etapa acabou por ser ganha pelo suíço Fabian Cancellara da Trek-Segafrado, mas na geral individual é o alemão e campeão da especialidade Tony Martin, que assume a camisola amarela.
Nelson Oliveira da Movistar foi o melhor classificado entre os portugueses, ficando no quinto lugar a 37 segundos de Cancellara. A quarta etapa irá ligar São Brás de Alportel a Tavira, numa distância de 194,5km.
Classificação Geral:
1.º Tony Martin (Etixx-QuickStep), 9h22m17s
2.º Geraint Thomas (Sky), a 3s
3.º Ion Izagirre (Movistar), a 20s
4.º Tony Gallopin (Lotto Soudal), a 46s
5.º Thibaut Pinot (FDJ), a 47s
6.º Primoz Roglic (Lotto NL-Jumbo), a 52s
7.º Tiago Machado (Katusha), a 59s
8.º Ilnur Zakarin (Katusha), a 1m04s
9.º Jarlinson Pantani (IAM Cycling), a 1m05s
10.º Alberto Contador (Tinkoff), a 1m07s