O Krasnodar foi fundado em 2008, e na última temporada, 2018/19, terminou o campeonato russo em terceiro lugar da tabela classificativa. Nesta mesma temporada alcançou os oitavos de final da Liga Europa, tendo sido eliminado pela Valência apenas nos descontos da segunda-mão.
É um clube assíduo na Europe League, e esta temporada vai disputar pela primeira vez o acesso à UEFA Champions League.
O clube treinado pelo jovem Mursad Musaev já disputou dois jogos no campeonato russo, tendo perdido em casa do Akhmat Grozny, por um golo e ganho na deslocação ao UFA, por 3-2.
Krasnodar na terceira pré-eliminatória da Champions League irá defrontar o clube português FC Porto, dia 6 ou 7 de Agosto na Rússia, e dia 13 irá deslocar-se ao Estádio do Dragão para realizar a segunda-mão.