Aquella final en la Liguilla ante Racing dejó una bronca lógica por no poder clasificar a la Copa Libertadores, pero también ilusionaba ya que Mauricio Pellegrino consiguió resultados en poco tiempo de trabajo. Con la llegada de algunos buenos refuerzos, el panorama era alentador, pero ya en las primeras fechas las cosas se complicaron.
Triunfo ante Belgrano y empate ante Godoy Cruz. Así arrancó el certamen. El fixture, además, deparaba rápidos enfrentamientos ante Rosario Central, Racing y River. Esa sería quizás la senda de partidos determinante. De 9 puntos, el "Rojo" sólo consiguió uno. Cuando Pellegrino estaba en la cuerda floja y el Ruso Rodríguez pasó de ser capitán a suplente, reaparecieron los triunfos: Colón, Banfield y Patronato. La paridad del torneo le dio una nueva vida a Independiente, pero el flojo rendimiento colectivo no resultaba esperanzador. Jesús Méndez y Martín Benítez fueron determinantes en el semestre anterior, pero mostraron un nivel pésimo en 2016. Para peor, Cristian Rodríguez y Diego Vera se perdieron muchos partidos por lesiones, y tampoco el regreso de Germán Denis -por varias cuestiones- cumplió las expectativas. Como puntos positivos, se destacan la rápida adaptación de Emiliano Rigoni, y los buenos momentos que mostró Leandro Fernández.
Mauricio Pellegrino no pudo encontrar respuestas ante determinados problemas. Cuando en la previa se veían muchas opciones ofensivas y pocas defensivas, lo cierto es que la defensa fue lo mejor del equipo y el ataque quedó en deuda. Independiente fue el equipo de su zona que menos goles recibió (12), y tuvo a Nicolás Tagliafico y Víctor Cuesta -se ganó un lugar en la Copa América- en niveles altísimos durante todo el torneo. Ante el déficit ofensivo, aparecieron empates 0-0 ante Sarmiento de Junín y Olimpo de Bahía Blanca, antes de superar por 2-0 a Vélez en Liniers, en lo que fue la primera buena actuación colectiva. Luego, en otro clásico ante Racing, el equipo de Pellegrino arrancó bien pero terminó acorralado, en otra demostración de lo dificiles que se hacen los partidos determinantes. Todo se terminó con la derrota como local ante San Lorenzo (0-1), luego de jugar un gran primer tiempo y fallar muchas ocasiones de gol. Pellegrino se despidió con un 3-3 ante Gimnasia, mientras que Fernando Berón asumió como interino y el plantel, ya sin presiones, ganó y gustó ante Arsenal y Quilmes para terminar en un tercer puesto que no llegó a cumplir los objetivos.