Llegó a la selección el día 11 de noviembre de 2007, cuando Alfio Basile le dio su primera convocatoria a la Selección Argentina como recompensa por su gran trabajo realizado en Estudiantes de La Plata durante ese año, para enfrentar los partidos ante Venezuela y Bolivia, correspondientes a las Eliminatorias rumbo a la Copa Mundial de Sudáfrica de 2010. Su debut con la celeste y blanca fue frente a Colombia el 6 de junio de 2009 también por eliminatorias y en dicho partido, Argentina ganó el partido 1-0 y Andújar tuvo una buena actuación. De esta manera el hombre campeón de la Copa Libertadors con Estudiantes en 2009 se fue afirmando poco a poco como titular en el arco argentino.

Diego Maradona volvió a confiar en el para enfrentar a Rusia en un partido amistoso en Moscú el 12 de agosto de 2009, y más tarde para jugar ante Brasil y Paraguay por las eliminatorias, pero en Rosario, Argentina cayó ante los brasileros en un partido donde Andújar no tuvo una buena noche lo que lo relegó al banco de suplentes para el próximo encuentro siendo reemplazado por Sergio Romero. Estando a préstamo en el Catania, en 2010 el arquero fue convocado por Maradona para integrar los 23 que viajaron a Sudafrica, sin embargo, Romero fue el elegido para disputar todos los encuentros que jugó en el mundial la selección Argentina. Pasó el Mundial, pasó Maradona y llegó Batista quien no pensaba darle lugar en la Copa América debido a que el rendimiento no era el esperado, sin embargo una lesión de Oscar Ustari le permitió formar parte de la Copa que se disputó en Argentina.

Dejando atrás las viejas épocas, nos vamos a centrar en la actualidad del arquero que tiene contrato con el Catania de Italia. A pesar de que en la última temporada no tuvo muchas partición en su equipo y recibió 45 goles en 25 partidos jugados durante 2013 y 2014, Sabella que lo conoce desde Estudiantes volvió a confiar en el para que sea arquero suplente durante las eliminatorias y así mismo lo convocó en los preseleccionados para viajar al Mundial de Brasil 2014.

Quizá es uno de los hombres más criticados de esta selección, ya sea por su rendimiento, por su poca participación en su equipo o por los nombres que podrían ocupar su puesto, que probablemente hayan echos méritos suficientes para ser convocados como los casos de Marcelo Barovero, Sebastián Saja o Agustín Marchesin. Sin embargo, poco le importan las criticas al actual entrenador de Argentina, Sabella sigue confiando en Andújar, así como apuesta por Sergio Romero como arquero titular, también criticado, e indiscutido, también le dará la chance a Andújar de viajar a Brasil.

Podemos analizar sus defectos, su rendimiento actual pero también podemos analizar y alabar sus virtudes que le permitieron ser arquero de la selección, Mariano Andújar mide 1,94 metros, pesa 80 kg y tiene 30 años. ¿Por qué él y no otro? la respuesta es simple, se ganó la confianza de los entrenadores por su trabajo día a día y su entrega en los entrenamientos, Andújar está predispuesto a mejorar, a seguir aprendiendo y como arquero inspira confianza aunque esté falto de minutos de juego. Sabella lo sabe, tiene en el banco un jugador que estará a la altura de las circunstancias, atajó en torneos importantes, fue fundamental en la Copa Libertadores y en el torneo local que ganó con Estudiantes y tuvo una buena actuación en el Mundial de Clubes ante el Barcelona de Lionel Messi también en el 2009.

Por todo esto, Mariano Andújar es parte de la delegación elegida por Alejandro Sabella para representarl al país en el Mundial que comenzará el próximo 12 de junio en Brasil. Seguramente será suplente de Romero, pero junto con Agustín Orión que es el tercer arquero, tendrán un papel importante en el grupo y en los entrenamientos. De todas formas, Andújar tiene que estar preparado porque ante cualquier circunstancia le puede tocar atajar con la celeste y blanca en Brasil 2014.