Un 10 de noviembre, pero de 1996, debutó en la Primera División uno de los máximos ídolos de la historia Xeneize: Juan Román Riquelme. El rival fue Unión de Santa Fe y el resultado un 2-0, con una increíble actuación del juvenil que le valió la ovación de toda La Bombonera. Hizo delirar ininterrumpidamente a los hinchas hasta mediados de 2002, cuando encaró su travesía por el viejo continente, más precisamente por España.

Arribó al FC Barcelona luego de una controvertida salida de la institución de la Ribera por roces con los dirigentes. Los problemas para Román no terminaron ahí, ya que el entrenador Louis Van Gaal tomó la decisión de utilizarlo por la banda izquierda, por lo que participaba poco del juego. En esa incómoda posición no brilló y el holandés lo sentó en el banco. En enero de 2003 la dirigencia blaugrana despidió a Van Gaal y contrató a Radomir Antić, con quien vio más rodaje.

Tras la llegada de Frank Rijkaard a mitad de ese año, Riquelme se marchó al Villarreal tras 42 encuentros y seis goles.

En el Submarino Amarillo tuvo un rendimiento superlativo que ayudó al equipo a competir de igual a igual contra los gigantes del país ibérico y de Europa. Logró las Copas Intertoto de 2003 y 2004, y fue, junto con Diego Forlán, la figura del plantel que finalizó en la tercera ubicación de la Liga 2004/05. Sin embargo, el mayor hito tuvo lugar en la temporada siguiente, cuando alcanzaron las semifinales de la Champions League. En ella, vivió una de las mayores frustraciones de su carrera al fallar el penal que podría haberlos clasificado a la final.

Una vez pasado el mundial de Alemania, volvió al club pero su relación con la dirigencia de la entidad castellonense y con el entrenador Manuel Pellegrini se debilitó, así que buscó una salida. Después de 144 partidos y 45 tantos, concretó su retorno a Boca en condición de cedido.

En el Xeneize levantó la Copa Libertadores de 2007 siendo la máxima figura del certamen, y siguió maravillando en la Copa América en la que el combinado nacional cayó ante Brasil en la final. Pese a esto, en su vuelta a Villarreal no fue tenido en cuenta y recaló otra vez en Buenos Aires, esta vez de manera definitiva.