Pese a haber realizado las inferiores en el club de la Ribera, Walter Bou debutó en Gimnasia y Esgrima La Plata en 2014 y sus buenas actuaciones la valieron un regreso a Boca Juniors en junio de 2016 desde el club platense. Pero a pesar de haber rendido cada vez que Guillermo Barros Schelotto lo mandó a la cancha, no logró consolidarse como titular por el muy alto nivel de su competidor, Dario Benedetto.
En este nuevo mercado de pases vuelve a sonar con mucha fuerza en La Boca, el nombre del jugador del Cruzeira, Ramón Wanchope Ábila, viejo anhelo de Daniel Angelici, por lo que el joven delantero enterriano de 23 años quedaría relegado en el plantel al mando del mellizo Guillermo Barros Schelotto.
Ante las consultas que llegaron por él al club de la Ribera, el presidente Xeneize Daniel Angelici lo tasó en 5 millones de dólares. Uno de los equipos que se interesó por la Panterita Bou fue Racing, quien ante la venta de Gustavo Bou (hermano mayor de Walter) al Tijuana y la lesión de Lautaro Martinez necesita reforzar su delantera de cara al próximo torneo. El otro interesado es el mismísimo Xolos de Tijuana, quien está deseoso de contar con los dos explosivos hermanos en la delantera y volver a estar en lo más alto del torneo mexicano.
Desde su llegada a Boca Juniors, a mediados de 2016, hasta la actualidad, Walter Bou registra 28 encuentros disputados en los que convirtió 6 goles y sirvió 2 asistencias.