El joven colombiano llegó al club de la Ribera en el mercado de pases de invierno de 2016, procedente del Club Deportes Tolima en el que hizo su debut como futbolista profesional. No era muy conocido por el hincha de Boca Juniors, pero ya tenía cierta experiencia en la selección de su país, y en en el Xeneize no se suele dudar mucho cuando se trata de colombianos, a causa de los gratos recuerdos que dejaron Jorge Bermúdez, Mauricio Serna y Óscar Córdoba, entre otros.
Al principio fue relegado durante mucho tiempo en el banco de suplentes, detrás del cuestionado Rodrigo Bentancur. Su debut se dio recién el 29 de diciembre en la goleada de Boca ante Temperley por 4 a 0, en la que Wilmar jugó los últimos 17 minutos y se ganó los primeros aplausos de la Bombonera.
Ya se empezaba a notar su estilo, su gran capacidad para la marca y la descarga rápida. Clásico volante central que hace tiempo venía necesitando Boca, y que rápidamente se metió en el corazón del hincha, a tal punto que hoy es uno de los jugadores más queridos y ovacionados del plantel. Incluzo hizo que más de uno se acuerde del eterno colombiano Chicho Serna.
Desde su ingreso al equipo titular ha sido fundamental en el funcionamiento del equipo, haciendo mejorar el rendimiento de toda la defensa, y participando activamente del juego colectivo ofensivo del equipo. Y ha logrado lo que a simple vista parece lo más difícil: la regularidad. Mantenerse en un rendimiento alto es algo que pocos logran y para el ex Deportes Tolima parece fácil.
En Boca ha marcado un gol oficial. En el último partido de su equipo en este 2017 ante Estudiantes, el colombiano anotó el único gol del partido y su único tanto con la camiseta xeneize hasta el momento, habiendo disputado 26 partidos con la camiseta azul y oro.