En la Copa Libertadores del 2001 los dirigidos, en ese entonces, por Carlos Bianchi cayeron por 3 a 0 contra Deportivo Cali, en Colombia. Los goles fueron de Gerardo Bedoya, Víctor Aristizábal y un gol en contra de Julio Marchant.

El 11 titular de ese partido fue: Oscar Córdoba; Marchant, Nicolás Burdisso, Gustavo Pinto, Clemente Rodríguez; José Pereda, Javier Villarreal, Nicolás Gaitán, Omar Pérez; Marcelo Delgado y Antonio "El Chipi" Barijho.

Cali no fue el único lugar que visitó durante esa edición de copa. Por los octavos de final el rival fue Junior, el plantel de Boca debió viajar para disputar el partido de ida. Fue un encuentro duro, pero el Xeneize pudo lograr la victoria por 3 a 2, con goles de Juan Román Riquelme y dos del Chelo Delgado. Descontaron para el equipo de Barranquilla, Arriaga y Zambrano. En ese año el club de la ribera consiguió su cuarto título.

Los titulares fueron: Córdoba; Ibarra, Jorge "El Patrón" Bermúdez; Samuel Matellán, Rodríguez; Pinto, Mauricio Serna, Cristian Traverso, Juan Román Riquelme; Guillermo Barros Schelotto y Delgado.

2003

Cuarta fecha del Grupo 7. En el estadio Atanasio Girardot, tocó visitar a Independiente de Medellín. Pero no se pudo conseguir la victoria y el gol del triunfo lo marcó David Montoya para el DIM.

Con un equipo recordado por los hinchas, en semifinales se enfrentaron al América de Cali. En La Bombonera el local consiguió una victoria por 2 a 0. Tocaba viajar a Cali, en la altura, pero no fue preocupante, fue un gran partido que lograron ganar por 4 a 0. Con dos goles de Carlos Tevez y tuvieron dos penales a favor que los convirtieron Schiavi y Delgado logrando así el pasaje a la final que la terminó consiguiendo, luego venciendo a Santos.

Los 11 elegidos por el técnico: "El Pato" Abbondanzieri; Pablo Jerez, Rolando Schiavi, Burdisso, Clemente; Villarreal, Raúl Cascini, Sebastian Battaglia, Diego Cagna; Delgado y Carlos Tevez.

2004

La gran ilusión comenzaba cuando en la cuarta fecha del Grupo 8, Boca viajó a Colombia para enfrentarse al Deportivo Cali. Con gol de Fabián Vargas, el conjunto Azul y Oro consiguió los tres puntos y se posicionó primero para la siguiente ronda.

Una nueva final. En Argentina igualaron 0 a 0, ahora ante Once Caldas que era fuerte con la altura e igualaron 1 a 1, para el visitante fue Burdisso y para el local marcó Viáfara. La definición por penales, cuatro ejecutados y ninguno convertido. La ventaja la tuvo el local que convirtió dos y dejó la copa en casa. El equipo de ese partido: "El Pato" Abbondanzieri; Luis Perea, Schiavi, Burdisso, Clemente; Vargas, Cascini, Villarreal, Cagna; Franco Cángele y Tevez.

2005

El 17 de mayo se jugaron los octavos de final ante Junior. La ida fue en Barranquilla. Jorge Benítez, director técnico Xeneize, apostó todo para tener un buen resultado en la altura y el partido terminó 3 a 3, con goles de "El Flaco" Schiavi, Rodrigo Palacio y "El Chelo" Delgado (ingresó por Palacio en el minuto 73). Para el conjunto colombiano marcó: Omar Sebastián Pérez, Martín Arzuaga y Emerson de Jesús Acuña.

El equipo titular fue: Roberto Abbondanzieri; Bahiano, Rolando Schiavi, Cristian Traverso, Gerardo Bedoya, Diego Cagna, Raúl Cascini, Fabián Vargas, Andrés Guglielminpietro, Rodrigo Palacio y Martín Palermo.

2007

Cúcuta Deportivo vs Boca Juniors: Se jugaba el partido de ida de la semifinal y los dirigidos por Miguel Ángel Russo no pudieron conseguir la victoria. El primer gol lo marcó Pablo Ledesma, que daba la ilusión de ganar en Colombia, pero no, minutos después llegaron dos goles de Blas Pérez, y para sentenciar el partido a los 83' Rubén Bustos consiguió el tercer tanto. Pero luego en La Bombonera todo se revirtió con el partido recordado por el magnífico gol de Riquelme, a los 43 minutos, luego llegaría uno de Martín Palermo y de Sebastián Battaglia. 

Los que salieron a la cancha fueron: Mauricio Caranta; Hugo Ibarra, Daniel Díaz, Clemente Rodríguez, Claudio Morel Rodríguez; Pablo Ledesma, Éver Banega, Neri Cardozo, Juan Román Riquelme; Martín Palermo y Rodrigo Palacio.

2016

El 24 de febrero es el partido más reciente, es una vez más contra Deportivo Cali. Fue la primera fecha del Grupo 3 en un partido polémico, trabado y sin ningún grito de gol. El técnico Rodolfo "El Vasco" Arruabarrena puso en cancha a: Agustín Orión; Nahuel Molina, Daniel Díaz, Juan Manuel Insaurralde, Jonathan Silva; Rodrigo Bentancur, Andrés Cubas, Fernando Gago, Nicolás Lodeiro; Sebastián Palacios y Carlos Tevez.