En 1999 el centrocampista John Javier Restrepo llegó al Deportivo Independiente Medellín después de pasar por Realtex —un club de fútbol aficionado que durante los años 90 surtió las inferiores del DIM—, y el 18 de octubre del mismo año, debutó en el equipo con victoria 2-0 ante Envigado.

Momentos de gloria pero también sinsabores amargos fueron los que vivió el 'Capo' durante ese ciclo en el Poderoso. En 2001 fue subcampéon del Campeonato Colombiano, cediéndole el título al América de Cali. Pero un año más tarde tuvo su revancha: Medellín ganó el Finalización 2002 con John Javier como capitán.

Ya en 2003 el DIM se preparaba para jugar la Copa Toyota Libertadores y 'Choronta' fue una pieza clave para que el equipo dirigido por Víctor Luna lograra el tercer lugar del torneo más importante de clubes en el continente. A mitad de ese mismo año, Restrepo dejó el club para unirse al Cruz Azul de México, dejando un registro de 8 goles en 170 partidos en el cuadro paisa.

Luego de cinco años, en julio de 2008, John Javier volvería a sus raíces, de nuevo se ponía la camiseta del Medellín y se disponía a igualar o superar su anterior fase en el Rojo. En la misma temporada de su regreso llegó a la final del Torneo Finalización, pero de nuevo la perdió ante América.

2009 fue un año con altas y bajas para el equipo y por ende para 'Choronta': jugaron la Libertadores pero no pasaron de la fase de grupos tras perder 4-3 - Defensor Sporting, dejando escapar la clasificación a octavos al último minuto de juego. Pero en diciembre llegó la alegría y el 'Capo' fue campeón de Colombia con el Medallo por segunda vez. En 2010 jugó de nuevo la Copa Libertadores y una vez más el Medellín no pasó de la primera fase.

En mayo de 2012 John Javier Restrepo presentó su carta de renuncia debido a situaciones futbolísticas y económicas. En total jugó 349 partidos en el Rojo de la Montaña, siendo el tercer jugador con más conpromisos disputados en este club. Y, aunque para muchos hinchas del DIM 'Choronta' ya está en edad de retirarse, para otros, los 37 años que carga a sus espaldas no son impedimento y lo quieren ver retornar al equipo donde inició su carrera profesional.

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