El jugador de 27 años, nacido el 29 de abril de 1991, en la Ciudad de la eterna primavera inició su carrera en Independiente Medellín. En las divisiones menores del elenco paisa como juvenil debutó en 2009. Posteriormente, Javier Calle estuvo en América de Cali en 2012 y jugó en Jaguares FC en 2013.
En 2014 regresó al Poderoso, anotó seis goles y fue subcampeón ante Independiente Santa Fe. En 2015, el futbolista antioqueño partió a la MLS, liga estadounidense y defensió los colores del New York City. Allí sufrió varias lesiones que lo alejaron de las canchas, sólo disputó 12 partidos y convirtió un gol.
El elenco conocido como Newyorkers, no hizo realidad el pase con opción de compra y Calle regresó al país. Se vinculó con el Medellín en el presente año, de la mano de su hermano, Ricardo Calle, ex jugador del Rojo e integrante del cuerpo técnico.
Javier jugó su primer partido ante Jaguares FC, el 18 de abril, debido a que su vinculación con el equipo se dio en marzo. En total, el jugador paisa disputó siete partidos para un total de 365 minutos con la camiseta 20.
Hizo 99 pases en el torneo colombiano y obtuvo el 64,5% de efectividad en el campo contrario. Cuatro de los siete partidos que jugó fue inicialista. Su rendimiento no fue de los destacados en el Liga Águila I y le quedó debiendo al onceno Poderoso. De la mano del técnico español, el DIM se vio mal en defensa y las transiciones defensa-ataque no fueron claras y precisas en el campo de juego.
Se espera que en los próximos días, confirmen la continuidad o desvinculación del jugador con Independiente Medellín. Hasta el momento, la institución solo ha confirmado la salida de Ismael Rescalvo y su hermano Juan Rescalvo.