El año 2016 comenzó en partido oficial, con una ajustada victoria por 1-2 en campo del Hamburgo gracias a dos tantos de Robert Lewandowski, en un encuentro muy equilibrado en el que el equipo bávaro llevó el peso del juego, aunque padeció dificultades para crear ocasiones de gol pese a jugar con Lahm y Alaba por las bandas, y con un 4-3-3 en el que Müller ejercía como interior. En el siguiente duelo, derrotó 2-0 al Hoffenheim en casa con dos goles de Robert Lewandowski, que comenzó el año en un grandísimo estado de forma. Posteriormente empató a cero en campo del Bayer Leverkusen, y derrotó 0-3 al Bochum en el encuentro correspondiente a los cuartos de final de la DFB Pokal.
Tras esa contundente victoria en la competición copera, cosechó tres victorias consecutivas en el campeonato doméstico, frente a Augsburgo, Darmstadt y Wolfsburgo. Aunque entremedias, se vio las caras con la Juventus de Turín en la ida de los octavos de final de la UEFA Champions League, en un encuentro en el que dominó de gran manera en el primer tiempo, encerrando a su rival durante el primer tiempo, que terminó con un contundente 0-2 en el tiempo de descanso, pero en el segundo tiempo, el equipo de Guardiola perdió el control del juego, y el conjunto turinés adelantó las líneas, y consiguió aprovecharse de las deficiencias defensivas que le dieron al equipo, el jugar con Alaba y Joshua Kimmich como pareja de centrales, cuando todavía estaban en fase de experimentación, una zaga que cuando el equipo perdía el balón se veía obligado a defender junto a Xabi Alonso, para preservar el orden defensivo cuando Lahm estaba unido al centro del campo, y Bernat estaba volcado en ataque.
Bache inicial como antesala a una gran racha de victorias
El 2 de marzo se enfrentó al Mainz en casa, y se vio sorprendido por la gran capacidad que tenía el equipo de Martin Schmidt para contragolpear, y con un Jhon Córdoba, que está cuajando muy buenas campañas en el campeonato alemán. Tras esa derrota, que le permitió al Borussia Dortmund acercarse a cuatro puntos de distancia, se enfrentó al propio conjunto de Thomas Tuchel, contra quien no pudo pasar del empate a cero en el Signal Iduna Park, en un encuentro muy táctico, en el que el buen entramado defensivo del equipo aurinegro, que plantó sobre el terreno de juego una rocosa defensa de cinco, con la que frenó toda la creatividad del cuadro bávaro, que encontró serias dificultades para tocar con fluidez, y para crear ocasiones claras de gol.
Con ese empate, emprendió una gran racha victoriosa, con la que consiguió alzarse con ocho triunfos consecutivos frente a Werder Bremen, Colonia, Eintracht de Frankfurt, Stuttgart, Schalke, Werder Bremen y Hertha de Berlín, con los que consiguió encarrilar el título liguero. Mientras tanto, en las otras competiciones, consiguió superar la ronda de octavos y cuartos de final de la UEFA Champions League, y las semifinales en la Copa Alemana.
En la gran competición continental, eliminó a la Juventus de Turín en un partido épico para los anales de la historia de la Liga de Campeones, en el que los germanos se impusieron por 4-2, tras lograr una gran remontada entre la segunda parte del encuentro, y la prórroga. Tras un primer tiempo en el que se dio una situación muy corriente para el campeón germano tanto en los partidos en general, como en las primeras partes especialmente, pues tuvo la pelota y dominó el encuentro de forma bastante estéril sin ser capaz de crear ocasiones claras de gol frente a un rival que le hizo un daño terrible al contraataque, y que llegó a imponerse por 0-2 en el feudo del Bayern, en el ecuador del primer tiempo.
Posteriormente, eliminó al Benfica en la eliminatoria de cuartos de final, tras derrotarle por 1-0 en la ida, gracias a un tempranero gol de Arturo Vidal. Sentenció la eliminatoria con un empate a dos en el duelo de vuelta, en un partido en el que el Bayern sufrió mucho en el primer tiempo, y no dominó el encuentro por completo, hasta que logró marcar el segundo gol. Mientras tanto, en la copa doméstica, se impuso por dos goles a cero al Werder Bremen.
El equipo de Guardiola sentenció la Bundesliga tras empatar con el Borussia Mönchengladbach en casa, y tras derrotar al Ingolstadt por 1-2. Aunque el momento más importante del año, el que marcó la diferencia entre el notable y el sobresaliente a la hora de valorar la actuación del equipo de Guardiola: las semifinales de Champions League frente al Atlético de Madrid. Un doble enfrentamiento, plagado de intensidad, y de entrega por parte de ambos conjuntos, en el que los roles estaban establecidos, aunque en la primera media hora de juego del duelo de ida, parecieron estar intercambiados, pues el equipo del Cholo Simeone dominó el partido, presionó arriba a su rival, y llegó al área contraria con peligro. De esta manera, consiguió adelantarse con un gran gol de Saúl Ñiguez.
Una eliminatoria de máxima intensidad
Tras este gol, el equipo de Guardiola se hizo con el timón del enfrentamiento, y ejerció un dominio sin excesiva contundencia en la presión, y sin demasiada profundidad en el primer tiempo, mientras que en la segunda mitad asedió al conjunto colchonero, llegando a gozar de ocasiones muy claras de gol, tanto tocando y llegando al área contraria combinando, como desplegando su gran arsenal de francotiradores, como cuando Alaba estrelló el balón contra el larguero, con un disparo de media distancia en el segundo tiempo.
El partido de vuelta fue de un dominio absoluto por parte del pentacampeón de Europa que llevó las riendas del partido desde el primer minuto, buscando el gol con una gran agresividad, y una gran verticalidad. Gracias a ello, consiguió adelantarse por medio de Xabi Alonso, que logró el primer tanto, en un libre directo desde la frontal del área. En el inicio del segundo tiempo, Griezmann puso tierra de por medio tras la igualada en la eliminatoria, y finalmente, el tramo posterior de asedio por parte de los visitantes, no sirvió de nada, pues Lewandowski, logró marcar un segundo gol, pero la eliminatoria no pasó del 2-2, y el cuadro bávaro se quedó a las puertas de la final por tercer año consecutivo.
Un doblete como premio de consolación
En el mes de mayo, el equipo bávaro le puso la guinda a la temporada, conquistando la DFB Pokal en la final frente al Borussia Dortmund en el Olympiastadion de Berlín, en la tanda de penaltis, tras disputar unos 120 minutos muy igualados, en una auténtica batalla táctica, en la que Thomas Tuchel sabedor del daño que produjo Guardiola atacando por las bandas, y buscando a los atacantes a la espaldas de los centrales rivales, en la final de hace dos años, en la que se terminó imponiendo por 2-0 en la prórroga. Tras ese encuentro, la temporada concluyó, empezó la Eurocopa, y al mismo tiempo, el mercado de fichajes. Con él, Mats Hummels y Renato Sanches aterrizaron en el Allianz Arena, mientras que Rode, Götze partieron rumbo a Dortmund, Hojbjerg rumbo al Southampton, y Julian Green rumbo al Stuttgart.
Tras una buena pretemporada en la que únicamente tuvo el lunar negro de caer derrotado frente al Real Madrid, se impuso por 0-2 en la Supercopa Alemania al Borussia Dortmund, en el debut de Carlo Ancelotti, en un encuentro en el que el cuadro rojiblanco se replegó, organizándose mucho en defensa, y se dedicó a jugar al contraataque, ante un combinado aurinegro que llevó el peso del juego, y que careció de acierto en la zona de ataque.
Además de lograr uno de los títulos que más se le resistió a Guardiola, el técnico italiano dejó entrever algunas de las claves del juego que pretendía implantar en el equipo. Un fútbol de toque y dominio sin renunciar al contraataque, una clara reducción de la presión sin balón, en relación a la que realizaba el equipo con Guardiola, y una más evidente a la vista, Lahm y Alaba (como laterales de turno), no estaban jugando por dentro cuando el equipo tenía el balón, y no participaban en la creación del juego. Participaban únicamente en la formación de juego ofensivo, colgando balones al área, y profundizando por línea de fondo, trazando una clara línea recta, en sus trayectos ofensivos.
Un inicio prometedor con un estancamiento en noviembre
El campeonato liguero de la temporada 2016/2017 comenzó con una sonora goleada frente al Werder Bremen por 6-0, tras un gran primer tiempo, en el que consiguió llegar al área rival con mucha facilidad, gracias a la gran fluidez y profundidad que tuvo con el balón, y a las facilidades que ofreció el conjunto hanseático a nivel defensivo. En la segunda jornada se impuso por 0-2 en el Veltins Arena frente al Schalke gracias a los goles de Lewandowski y Kimmich, en un encuentro en el que sufrió demasiado sin balón, ante las salidas al contraataque del equipo local, que a partir de la hora de juego y viendo el empate que mostraba el marcador, retrocedió las líneas de presión, y el cuadro muniqués pudo llegar con mayor facilidad.
Tras el duelo frente al conjunto minero, llegó la hora de debutar en Champions League, y en esta ocasión, el azar quiso que se viera las caras frente al Rostov en la primera jornada de la fase grupos. El campeón alemán resolvió el encuentro con un contundente y sonoro 5-0, con una participación estelar por parte de Joshua Kimmich que con el cambio de entrenador pasó de jugar de lateral derecho con el técnico de Santpedor, a jugar de interior con el ex del Milan y el Real Madrid, que logró marcar dos goles. Tras ese encuentro enlazó tres victorias seguidas frente a Ingolstadt, Hertha de Berlín y Hamburgo. En la segunda jornada de la máxima competición continental, cayó derrotadl frente al Atlético de Madrid en el estadio Vicente Calderón gracias a un gol de Yannick Ferreira-Carrasco. Tras la derrota europea, empató dos partidos consecutivos en liga frente a Colonia y Eintracht de Frankfurt.
Tras ambos empates, logró cinco victorias consecutivas frente al PSV Eindhoven en Liga de Campeones en dos ocasiones, ante el Borussia Mönchengladbach, el Augsburgo en Bundesliga y copa. Tras esa racha de victorias, logró un empate frente al sorprendente Hoffenheim, que se ha convertido en una revelación de la competición, posteriormente cayó derrotado por 1-0 en el Signal Iduna Park frente al Borussia Dortmund, en un encuentro en el que fue superado en la primera media hora, mientras que en la hora restante, llevó el peso del juego, aunque tuvo serias dificultades para crear ocasiones de gol, ante la guadaña defensiva del cuadro borusser que cerró muy bien con una defensa de cinco, que dependía de la posición de Matthias Ginter, que permutaba entre la zaga, y el centro del campo. Después del gran clásico del fútbol alemán, se enfrentó al Rostov en territorio ruso, donde cayó derrotado por 3-2.
Tras esa derrota europea, logró cinco victorias consecutivas en Bundesliga frente a Bayer Leverkusen, Mainz, Wolfsburgo en un partido en el que recuperó su mejor versión, tocando con una buena circulación de balón, y profundizando mucho por ambos costados, un factor que contribuyó a que llegaran los goles con mayor rapidez, Darmstadt, y Leipzig, en un encuentro en el que sufrió mucho en la primera media hora, ante un conjunto dirigido por Hüssenhuttl que se organizó muy bien a nivel defensivo, y que salió muy bien al contraataque por las bandas. Tras los primeros minutos de juego, el Bayern fue consolidando su dominio de balón, y convirtió el encuentro en un entrenamiento, a raíz de la expulsión de Forsberg. Mientras tanto, derrotó 1-0 al Atlético de Madrid, con un gol de libre directo de Robert Lewandowski.