Kondogbia llegó al Valencia en calidad de cedido proveniente del Inter de Milán. Después de una temporada con minutos, pero con un mal rendimiento en Italia, Marcelino y Mateu Alemany cedidieron traerlo para reforzar el medio del campo como un jugador más defensivo. En la primera temporada como murciélago, jugó un total de 37 partidos, siendo pieza clave para que el Valencia se clasificara para la UEFA Champions League. Además en el mismo año llegó a conseguir 4 goles y 4 asistencias, el primero de ellos en el día de su debut en el Santiago Bernabéu. 

Kondogbia fue comprado la temporada pasada, por una cifra cercana a los 22 millones de euros. Una operación muy por debajo de su valor real, ya se produjo gracias al buen acuerdo que había firmado Mateu Alemany con el Inter de Milán. En su segundo año vistiendo la camiseta de la senyera, el francés no arrancó de la mejor manera. En diciembre sufrió una lesión en el muslo que le mantuvo alejado de los terrenos de juego 50 días. Poco a poco se fue reincorporando a la dinámica del grupo, justo para contribuir y ayudar en una de las mejores vueltas en toda la historia del Valencia. El 16 de mayo, en un encuentro frente al Rayo Vallecano, Kondogbia se desgarró el fémur, y estuvo lesionado durante 39 días. Su gran regreso tuvo lugar el día que el Valencia se clasificó para la Champions frente al Valladolid en el José Zorrilla. En la final de la Copa del Rey Marcelino también confió en él. Sirvió como recambio a Daniel Parejo, y terminó el partido como campeón de la Copa del Rey, pasando a la historia del Valencia C.F, y al recuerdo de todas esas generaciones que vieron por primera vez en su vida como el Valencia ganaba un título.

A pesar de que el rendimiento de Kondogbia no ha vuelto a ser el de la primera temporada, es un jugador vital para el esquema de Marcelino, y que junto a Coquelin firman uno de los mejores medio campos de toda Europa. A sus 26 años ha jugado un total de 5882 con el Valencia. 

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