El natural de Pontedeume comenzó su andadura en el mundo del fútbol en Ferrol jugando en O Freixo al fútbol sala. Posteriormente, pasa a formar parte de las filas del Narón Balompie, donde destaca a pesar de su temprana edad, por lo que es convocado por la selección gallega benjamín para disputar el campeonato de España de fútbol sala. Tras cinco campañas en el equipo de Narón, Juan Domínguez ficha por las categorías inferiores del Deportivo en 2004 saltando al fútbol once.

Toda una vida en el Deportivo

Domínguez, a pesar de su corta edad, destacaba por su buen fútbol, por lo que se convirtió en una pieza fundamental tanto en el equipo juvenil como en el Deportivo B. Debido a esto, Joaquín Caparrós decide incluirlo dos años seguidos para preparar la pretemporada veraniega con el primer equipo, pero no sería hasta el año 2009 cuando el gallego debutaría en Primera División como mediapunta con la primera plantilla de la mano de Miguel Ángel Lotina con tan solo 19 años.

Tras una temporada de discreta participación y tras una lesión que le aparta de los terrenos de juego en la primera mitad de la campaña 2010/11, logra recuperarse y juega los últimos veinte partidos de esa temporada, pero sin encontrar una posición en la que sentirse cómodo. Además, su ayuda no sería suficiente para lograr mantener la categoría del Dépor, que sufriría un descenso a Segunda División tras veinte años consecutivos en la máxima categoría del fútbol español.

En Segunda logra jugar con continuidad y se hace indiscutible en el once de José Luis Oltra debido a sus buenas acciones dentro de la plantilla. Domínguez anota cinco goles y ayuda al equipo blanquiazul a lograr el ascenso a Primera División el año 2011 con récord de puntos y de victorias. El año siguiente, comienza jugando mano a mano con Abel Aguilar, pero Oltra es destituido por las malas sensaciones que transmite el equipo y con la llegada de Domingos Paciencia su protagonismo comienza a menguar. El entrenador portugués dimite a las pocas jornadas de su llegada y llega Fernando Vázquez para intentar obrar el milagro de la permanencia, quien confía en Domínguez para lograrlo. A pesar del esfuerzo del equipo, el canterano sufre con el equipo un nuevo descenso a Segunda División.

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En la categoría de plata, ‘JuanDo’ vuelve a ser indiscutible. Juega treinta y nueve de los cuarenta y dos partidos de la competición liguera y se convierte en una pieza fundamental de un Dépor que consigue nuevamente ascender a Primera División. Tal es su buen hacer en el grupo, que el de Narón es escogido como mejor centrocampista de Segunda de la temporada 2013/14. Al llegar otra vez a Primera, se esperaba que Domínguez tuviera la misma continuidad de que el año anterior, pero nada más lejos de la realidad. Fernando Vázquez es destituido y su sustituto Víctor Fernández no acaba de situar al canterano. Lo prueba como mediocentro, pivote delante de la defensa y mediapunta. Ninguna de las situaciones acaba de convencerle y prueba a posicionarlo como doble pivote, donde jugaría el resto de la temporada en sus esporádicas apariciones. Otro año más de vaivenes para ‘JuanDo’.

Esta pasada temporada, Domínguez tampoco ha conseguido despuntar debido a la falta de confianza existente por parte de Víctor Sánchez del Amo hacia el canterano. Su temporada se resume con una participación en únicamente nueve partidos (cinco de Liga y cuatro de Copa del Rey) donde solo ha comenzado dos como titular. El de Narón ha visto pasar una y otra convocatoria en la que no aparecía su nombre mientras que sí lo hacían los de Pedro Mosquera, Celso Borges y Álex Bergantiños, todos ellos prioritarios para Víctor. Incluso Fajr y Cani iban por delante a pesar de no ser jugadores específicos del medio del campo.

Cesión al RCD Mallorca

Tras una carrera en el Deportivo marcada por numerosos vaivenes, Juan Domínguez ha decidido salir cedido al RC Mallorca militante en Segunda División en un momento clave de su carrera. Vuelve así a ponerse al servicio de Fernando Vázquez, quien confiara en él en el Dépor durante la época en la que el entrenador gallego estaba al mando del conjunto blanquiazul. 

Está claro que a sus 26 años aun le queda mucho fútbol que ofrecer, por lo que, ante la imposibilidad de hacerlo en el club herculino, el de Narón ha decidido salir a buscar oportunidades y volver más fuerte al club blanquiazul.