Juan Carlos Vera llegó a México para brillar en equipos como Morelia, Pumas, Pachuca, Atlas. En su paso con Morelia llegó en la temporada 1987-88 a semifinales donde fueron eliminados por el América; años después llegaría a Pumas para la temporada 1989-90, equipo donde defendió los colores azul y oro con mucho orgullo, se consagró en la temporada 1990-91 cuando se proclamó campeón justamente contra el América, hecho mejor conocido como “Tucazo”.
Al llegar con los universitarios se posicionó en la media cancha, acaparando la atención gracias a sus dotes y liderazgo. Fue parte de un conjunto felino imparable, al que todos los demás equipos temían al enfrentarlo, compartiendo vestidor con futbolistas como Luis García, Jorge Campos, Ricardo Ferretti, Alberto García Aspe, compartiendo la media cancha con Toño Servín, entre muchos más jugadores destacados de la UNAM, en ese tiempo dirigidos por Miguel Mejía Barón.
Por su destacada participación en el terreno de juego fue nombrado en repetidas ocasiones como el mejor volante de la liga, y mejor jugador. Tuvo un paso fugaz y eficiente con Atlas, solamente duró una temporada y posteriormente regreso al Olímpico Universitario para jugar su última temporada como felino. En su último encuentro con el equipo de sus amores logró anotar un gol, pero lamentablemente el equipo fue eliminado por Tigres.
En repetidas ocasiones ha declarado que le gustaría regresar a CU pero ahora como Director Técnico. No cabe duda que Juan Carlos Vera poseía un nivel futbolístico impresionante, un amor infinito por el futbol y principalmente por el equipo del Pedregal, querido y recordado por la afición.
Su fútbol marco a muchas generaciones de niños y jóvenes que hasta la fecha lo consideran un ídolo auriazul por su garra dentro del terreno de juego, es uno de los pocos extranjeros que han llegado al fútbol mexicano para ser recordados por su trayectoria y su toque preciso.
